在單細胞cellranger軟件建庫的時候必須要用GTF文件，但是有時候有些基因組只有GFF，這時候就需要轉(zhuǎn)換一下格式。 1、GTF的格式類型 ...
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GFF3 轉(zhuǎn)GTF文件 -
seurat v5整合步驟報錯處理
參考：https://satijalab.org/seurat/articles/seurat5_integration[https://sat...
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seurat V5升級：一些常見報錯1、數(shù)據(jù)在不同環(huán)境中的兼容情況 目前V5版本的環(huán)境可以兼容V3版本的數(shù)據(jù)，但是V3環(huán)境中導(dǎo)入V5環(huán)境會報錯（缺依賴包）。目前有兩種方式新建R對象...
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Seurat V5升級：sketch-based分析后DotPlot圖報錯解決最近在研究seurat v5的數(shù)據(jù)處理。測試的時候發(fā)現(xiàn)使用seurat v5包對大數(shù)據(jù)進行sketch-based抽樣分析之后，后續(xù)使用DotP...
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cellranger參考數(shù)據(jù)庫gtf過濾（替換和刪除）
cellranger在建庫之前，有時候需要對GTF文件進行編輯修改。 比如為了后續(xù)在Seurat中使用正則匹配去除線粒體的基因，就需要修改原來G...
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從cellranger的h5文件中提取數(shù)據(jù)參考鏈接： https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/softwa...
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cellranger參考數(shù)據(jù)庫gtf過濾（過濾gene_biotype）
首先看下gff里面不同的gene biotype都是啥 https://m.ensembl.org/info/genome/genebuild/...
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AnnData對象處理AnnData是python中存儲單細胞數(shù)據(jù)的一種格式，常用于scanpy。 1、認識結(jié)構(gòu) 基本結(jié)構(gòu)如下： 參考鏈接：https://cellg...
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seurat對象中g(shù)ene symbol的替換（自定義R包）
我們在處理seurat對象的時候經(jīng)常會發(fā)現(xiàn)R對象會自動把我們的gene symbol給替換掉，比如所有的下劃線被替換成了短橫線。會出現(xiàn)如下war...
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小鼠和人的同源基因?qū)?yīng)在使用cellphoneDB和italk進行細胞通訊分析時，發(fā)現(xiàn)小鼠的結(jié)果很少或奇奇怪怪。查了下網(wǎng)上大家的一些解決辦法，發(fā)現(xiàn)將小鼠的基因轉(zhuǎn)成人的...
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