eggnog注釋 使用在線版 eggnog-mapper 進(jìn)行 eggnog 數(shù)據(jù)庫(kù)注釋。 eggnong數(shù)據(jù)庫(kù)全稱為evolutionary ...
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宏基因組測(cè)序分析（十）功能注釋 -
宏基因組測(cè)序分析（九）基因預(yù)測(cè)及去冗余由于原核生物編碼基因不包含內(nèi)含子，由連續(xù)的編碼區(qū)構(gòu)成開(kāi)放閱讀框（ORF），編碼區(qū)具有容易辨別的序列特征，基因預(yù)測(cè)準(zhǔn)確性較高。 prokka 和 ...
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宏基因組測(cè)序分析（七）DESeq2/edgeR差異分析
DESeq2/edgeR DESeq2和edgeR是RNA-Seq數(shù)據(jù)分析中常用的差異表達(dá)分析軟件，這兩款軟件基于負(fù)二項(xiàng)分布模型，輸入count...
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宏基因組測(cè)序分析（六）lefse差異分析差異物種分析主要基于物種豐度信息和樣品分組，進(jìn)行組間差異物種的檢測(cè)。這里使用 lefse 進(jìn)行差異物種分析。 LEfSe LEfSe（Linea...
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宏基因組測(cè)序分析（五）β多樣性分析β多樣性 β多樣性：指沿環(huán)境梯度不同生境群落之間物種組成的相異性，也被稱為生境間的多樣性（between-habitat diversity），...
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宏基因組測(cè)序分析（四）α多樣性分析多樣性分析 群落多樣性主要指群落中所包含的物種數(shù)目和物種個(gè)體數(shù)的分布特征。主要包含： 物種豐富度，species richness：群落中物種數(shù)...
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宏基因組測(cè)序分析（二）測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控過(guò)濾
二代宏基因組測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)控和過(guò)濾。 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量過(guò)濾，包括測(cè)序質(zhì)量、adapter 等過(guò)濾 去除污染數(shù)據(jù)，一般是宿主數(shù)據(jù)。該步驟對(duì)于水體、土壤等...
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宏基因組測(cè)序分析（一）軟件安裝
R 包安裝 conda 安裝 conda 主要用來(lái)創(chuàng)建不同環(huán)境，來(lái)安裝依賴較多的軟件。從conda 官網(wǎng)下載最新版conda 進(jìn)行安裝，網(wǎng)址如下...
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宏基因組測(cè)序分析（前言）微生物 微生物泛指?jìng)€(gè)體無(wú)法用肉眼觀察的微小生物，一般需要借助光學(xué)顯微鏡或電子顯微鏡才能觀察到。 研究策略 單菌研究：傳統(tǒng)的微生物學(xué)側(cè)重于將個(gè)體物...
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宏基因組測(cè)序分析（十四） 分箱結(jié)果評(píng)估分箱結(jié)果可以使用 checkM 檢查完整性和污染度。 checkM 基于數(shù)據(jù)庫(kù)中構(gòu)建好的單拷貝基因集和進(jìn)化樹(shù)，將bin定位到進(jìn)化樹(shù)中找到參考物種...
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