eggnog注釋 使用在線版 eggnog-mapper 進(jìn)行 eggnog 數(shù)據(jù)庫(kù)注釋。 eggnong數(shù)據(jù)庫(kù)全稱為evolutionary ...
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eggnog注釋 使用在線版 eggnog-mapper 進(jìn)行 eggnog 數(shù)據(jù)庫(kù)注釋。 eggnong數(shù)據(jù)庫(kù)全稱為evolutionary ...
由于原核生物編碼基因不包含內(nèi)含子,由連續(xù)的編碼區(qū)構(gòu)成開(kāi)放閱讀框(ORF),編碼區(qū)具有容易辨別的序列特征,基因預(yù)測(cè)準(zhǔn)確性較高。 prokka 和 ...
DESeq2/edgeR DESeq2和edgeR是RNA-Seq數(shù)據(jù)分析中常用的差異表達(dá)分析軟件,這兩款軟件基于負(fù)二項(xiàng)分布模型,輸入count...
差異物種分析主要基于物種豐度信息和樣品分組,進(jìn)行組間差異物種的檢測(cè)。這里使用 lefse 進(jìn)行差異物種分析。 LEfSe LEfSe(Linea...
β多樣性 β多樣性:指沿環(huán)境梯度不同生境群落之間物種組成的相異性,也被稱為生境間的多樣性(between-habitat diversity),...
多樣性分析 群落多樣性主要指群落中所包含的物種數(shù)目和物種個(gè)體數(shù)的分布特征。主要包含: 物種豐富度,species richness:群落中物種數(shù)...
二代宏基因組測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)控和過(guò)濾。 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量過(guò)濾,包括測(cè)序質(zhì)量、adapter 等過(guò)濾 去除污染數(shù)據(jù),一般是宿主數(shù)據(jù)。該步驟對(duì)于水體、土壤等...
R 包安裝 conda 安裝 conda 主要用來(lái)創(chuàng)建不同環(huán)境,來(lái)安裝依賴較多的軟件。從conda 官網(wǎng)下載最新版conda 進(jìn)行安裝,網(wǎng)址如下...
微生物 微生物泛指?jìng)€(gè)體無(wú)法用肉眼觀察的微小生物,一般需要借助光學(xué)顯微鏡或電子顯微鏡才能觀察到。 研究策略 單菌研究:傳統(tǒng)的微生物學(xué)側(cè)重于將個(gè)體物...
分箱結(jié)果可以使用 checkM 檢查完整性和污染度。 checkM 基于數(shù)據(jù)庫(kù)中構(gòu)建好的單拷貝基因集和進(jìn)化樹(shù),將bin定位到進(jìn)化樹(shù)中找到參考物種...