將原始fq文件通過FastQC-align-samtools||GATK等流程最終得到vcf文件，也就是記錄某些位點(diǎn)變異的文本文件。但只是通過看...
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用annovar對vcf（SNP&INDEL）文件進(jìn)行注釋
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RNA-seq完整分析過程linux基本命令 第六章 Linux文件與目錄管理 極客學(xué)院服務(wù)器 高通量相關(guān)基礎(chǔ)知識 生信一百講 1、 Anaconda Anaconda是...
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BSR-(RNA-seq)數(shù)據(jù)進(jìn)行BSR分析
使用工具GATK4。GATK基礎(chǔ)RNA-seq分析完整版BSR參考GATK官方RNA-seq calling流程最新版的BSR分析流程流程參考W...
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VCF格式劉小澤寫于18.7.17所有的數(shù)據(jù)，一旦要找變異位點(diǎn)信息，就離不開VCF。豆豆也是在寫一個(gè)重測序的操作流程，遇到了VCF文本，之前也是沒有了解過...
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一些perl的小技巧劉小澤寫于18.12.2這個(gè)周末做了不少事，參加了P4 China精準(zhǔn)醫(yī)療會議，第一次參加這種國際性會議，長了不少見識，同時(shí)帶回來很厚一摞“背景...
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學(xué)習(xí)一點(diǎn)perl單行命令知識劉小澤寫于2020.3.13推薦一本書：《Perl One-liners：130 Programs That Get Things Done》P...
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Linux命令行文本操作一文就夠
原創(chuàng)：熊+jimmy+SX 生信技能樹 主要是awk/grep/sed這三駕馬車，加上vi這個(gè)神器，最后輔助一些小工具，包括 wc,cat,di...
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ggplot2高效實(shí)用指南簡介 文章較長，點(diǎn)擊直達(dá)我的博客，瀏覽效果更好。本文內(nèi)容基本是來源于STHDA，這是一份十分詳細(xì)的ggplot2使用指南，因此我將其翻譯成中文，...
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生信blogs匯集
MOOC網(wǎng)站 1.學(xué)堂在線--清華大學(xué)2.華文MOOC--北京大學(xué)3.中國大學(xué)MOOC 優(yōu)秀博客/網(wǎng)站 1.liuhui劉輝2.生信寶典文章集錦...
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Linux ${} 變量內(nèi)容的提取和替換功能
1、對變量取值 2、求字符串的長度 3、提取位置3到最后的字符 4、從位置3，開始提取5個(gè)字符 5、從左邊開始，刪除最短匹配r 6、從左邊開始，...
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/1750449/timg.jpg', '推薦專題《生物信息學(xué)》（ 分享自 @簡書 ）','http://www.itdecent.cn/c/f89af952d7cd?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','頁面編碼gb2312|utf-8默認(rèn)gb2312'));){kind=link}