從開始學(xué)習(xí)轉(zhuǎn)錄組分析，都是按照網(wǎng)上的教程別人的數(shù)據(jù)一步一步的跑，只要是嚴(yán)格按照教程上來(lái)，基本都不會(huì)出現(xiàn)錯(cuò)誤。在整個(gè)過(guò)程中，也沒(méi)有想太多，每一...
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2019-03-10 轉(zhuǎn)錄組分析 之教訓(xùn) 1 -
使用Trinity進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組組裝Trinity是Broad Institute和Hebrew University of Jerusalem開發(fā)的RNA-Seq數(shù)據(jù) 轉(zhuǎn)錄組組裝...
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RNA-seq數(shù)據(jù)分析---方法學(xué)文章的實(shí)戰(zhàn)練習(xí)前言 這次給大家?guī)?lái)的是16年發(fā)表在NATURE PROTOCOLS上面的一篇處理RNA-seq數(shù)據(jù)的文章：Transcript-level e...
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基因表達(dá)分析（上）- 差異表達(dá)分析基因表達(dá) 什么是基因表達(dá)，如下是來(lái)自于維基百科的解釋： 研究方法 定量PCR 這部分我不太懂，所以就放幾段百度百科和維基百科的定義。 百度百科 ...
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基因表達(dá)分析（中）- 富集分析
回顧 首先對(duì)基因表達(dá)分析（上）做一個(gè)簡(jiǎn)單的回顧 研究基因表達(dá)的有如下工具：RNA-Seq，microarray， qRT-PCR等（歡迎補(bǔ)充） ...
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基因表達(dá)分析（前傳）-準(zhǔn)備count矩陣
還在利用hisat, tophat這些耳熟能詳?shù)能浖ead比對(duì)到基因組（轉(zhuǎn)錄組）上，然后統(tǒng)計(jì)每個(gè)基因的count數(shù)么？試試這些不需要比對(duì)，速...
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轉(zhuǎn)錄組入門（1）：軟件準(zhǔn)備
系統(tǒng)準(zhǔn)備 windows10： Unbuntu on windows10 軟件準(zhǔn)備 我的習(xí)慣： 家目錄下創(chuàng)建src文件夾，用于存放軟件包 家目錄...
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轉(zhuǎn)錄組入門（2）：讀文章拿到測(cè)序數(shù)據(jù)本系列課程學(xué)習(xí)的文章是：AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA p...
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轉(zhuǎn)錄組入門（3）：質(zhì)量控制需要用安裝好的sratoolkit把sra文件轉(zhuǎn)換為fastq格式的測(cè)序文件，并且用fastqc軟件測(cè)試測(cè)序文件的質(zhì)量！作業(yè)，理解測(cè)序reads...
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轉(zhuǎn)錄組入門（4）：了解參考基因組及基因注釋轉(zhuǎn)錄組入門(4)：了解參考基因組及基因注釋在UCSC下載hg19參考基因組，我博客有詳細(xì)說(shuō)明，從gencode數(shù)據(jù)庫(kù)下載基因注釋文件，并且用IG...
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