基因組組裝完成后，或者是完成了草圖，就不可避免遇到一個問題，需要對基因組序列進行注釋。注釋之前首先得構建基因模型，有三種策略： 從頭注釋(de ...
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如何對基因組序列進行注釋 -
「基因組注釋」構建重復序列數(shù)據(jù)庫
本文參考自Repeat Library Construction-Advanced，整體思路一致，但是所用軟件有所不同。 流程主要分析MITE和...
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RepeatModeler + RepeatMasker
在基因組注釋中第一步就是重復序列的屏蔽，目前常用的從頭注釋pipeline就是RepeatModeler + RepeatMasker。 1. ...
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「基因組注釋」MITE-Hunter鑒別基因組的MITE序列背景篇 MITE屬于II類非自主轉座因子，并且在真核生物中存在大量的拷貝。 MITE長度大約是500bp，并且擴增速度非?？臁?013年一篇發(fā)表...
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TE 注釋工具EDTA的安裝及使用EDTA（Extensive de novo TE Annotator）是一個可以從頭注釋全基因組中的TE并且評估已有TE庫注釋優(yōu)劣的工具包。該...
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使用TEclass對TE一致性序列進行分類軟件安裝 軟件地址在http://www.compgen.uni-muenster.de/tools/teclass/index.hbi?, 由...
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使用EDTA進行TE注釋
一句話評價：重復序列注釋用EDTA就完事了。 簡介 EDTA, 全稱是 Extensive de-novo TE Annotator, 一個綜合...
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