PS：也適用于找不到包的情況，不僅僅是依賴...最近整合了團(tuán)隊的幾部機(jī)器，做成了小集群，于是很多計算環(huán)境重新部署。這兩天有個項目需要返工，發(fā)現(xiàn)之...
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R語言: ERROR: dependency ‘XXXX’ is not available for package ‘YYYY’ -
點點點，KEGG Pathway 通路富集分析寫在前面 前段時間，推過兩個教程，分別是：1.《零基礎(chǔ)快速完成基因功能注釋 / GO / KEGG / PFAM...》2.《「GO富集分析」從...
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統(tǒng)計多個基因列表交集并畫韋恩圖和Upset圖有時候，我們從GEO數(shù)據(jù)庫挖掘了好幾組數(shù)據(jù)集的差異表達(dá)基因，我們需要統(tǒng)計這些基因列表的交集，一般可以用韋恩圖和Upset圖。而韋恩圖一般適合小樣...
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我的GWAS高級曼哈頓圖折騰過程如果說別人畫圖是折騰自己，那我畫圖可能就是折騰自己兼折騰群主.......首先在這里感謝何大哥哈（知乎：hewm2008）、很耐心的為我解答了許...
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跨物種RNA-seq標(biāo)準(zhǔn)化及差異表達(dá)前言 對跨物種的RNA-seq進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化和差異分析已知是一個問題，而目前對此類問題的相關(guān)研究還比較少，有用RPKM進(jìn)行各物種之間標(biāo)準(zhǔn)化的，也有基...
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學(xué)好統(tǒng)計，我10分鐘就完成了別人服務(wù)器通宵才完成的分析果子老師做過一個非常驚人的舉動，用DESeq2處理1225例樣本的TCGA數(shù)據(jù)，在沒有使用DESeq多線程參數(shù)parallel的情況下，跑了將近...
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群體遺傳分析—LD連鎖不平衡本文轉(zhuǎn)載于百邁克云(https://www.sohu.com/a/234594093_761120) 在群體遺傳學(xué)研究中，LD連鎖不平衡分析是最...
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資源 | RNAseq數(shù)據(jù)分析 - 一本通 - 葵花寶典寫在前面 五年前，《生信札記》公眾號成立不久，我間斷發(fā)了幾個推文，然后就沒再繼續(xù)運營了。直到三四年前，花了點時間，于是現(xiàn)在這樣。有不少老友估計都...
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TBtools | 多圖合一至強(qiáng)版教程！進(jìn)化樹 + Motifs + 結(jié)構(gòu)域 + 啟動子 + 基因結(jié)構(gòu) + ....放一張效果圖，這些，三四年前的東西，我其實一直懶得說。 寫在前面 “Gene Structure View (Advanced)”這個功能可以說...
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貼心 | GXF Fix 修復(fù) / 優(yōu)化基因結(jié)構(gòu)注釋信息文件 - GTF/GFF3寫在前面 目前基因組測序和組裝成本幾乎已經(jīng)到任何一個課題組都可以單獨負(fù)擔(dān)的價碼，大量物種的基因組序列被測定和釋放。與此同時，對應(yīng)的基因結(jié)構(gòu)注釋信...
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