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PLUMED系列-Trieste使用PLUMED分析軌跡
翻譯自:Trieste tutorial: Analyzing trajectories using PLUMED 目標(biāo) 主要是熟悉PLUMED...
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gromacs使用額外水模型
在我們MD中我們有時(shí)候很少進(jìn)行水模型的選擇，很多時(shí)候我們對(duì)于不要求精確的體系使用spc水模型，對(duì)于相對(duì)要求精確的模型一般使用tip3p模型，對(duì)于...
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Rosetta系列-FloppyTail構(gòu)建蛋白柔性尾轉(zhuǎn)載請(qǐng)聯(lián)系，且保留鏈接 使用這個(gè)代碼需要蛋白具有長(zhǎng)的柔性尾，在晶體結(jié)構(gòu)中是缺失的，生物化學(xué)證據(jù)表明已知結(jié)合伴侶上尾部的特定結(jié)合位點(diǎn).該代碼旨在模...
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Rosetta系列-PyRosetta安裝
PyRosetta是一個(gè)Python為基礎(chǔ)的Rosetta交互套件。其打開(kāi)了用戶自定義的利用Rosetta采樣方法和能量函數(shù)進(jìn)行自定義建模的方法...
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利用GalaxyFill補(bǔ)全蛋白GalaxyFill是一個(gè)項(xiàng)目用來(lái)進(jìn)行對(duì)蛋白的缺失結(jié)構(gòu)進(jìn)行補(bǔ)全。其功能我覺(jué)得非常強(qiáng)大，比如用來(lái)進(jìn)行蛋白的延長(zhǎng)，甚至進(jìn)行融合蛋白的制作。使用Gal...
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Pymol核酸繪圖大家都知道chimera的核酸繪圖功能非常強(qiáng)大，一般大家理解的pymol核酸繪圖功能就顯得薄弱了，但是今天在看pymol的cartoon的時(shí)候無(wú)...
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Pymol渲染（Ray）筆記Ray ray將會(huì)創(chuàng)建一個(gè)現(xiàn)在的框架圖像的渲染（ray-traced）圖像。我們平常使用pymol的時(shí)候可能就是直接ray一下出圖，其實(shí)ray有...
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利用OpenBabel生成多個(gè)構(gòu)像
此文感謝建民兄的指導(dǎo)，才讓我學(xué)習(xí)到這么有用的工具 起因 有許多軟件例如Dock 6.8，對(duì)于小分子的柔性對(duì)接支持并不那么好，這就導(dǎo)致了因?yàn)槌跏紭?gòu)...
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shell腳本文件夾內(nèi)文件依次執(zhí)行
這個(gè)腳本非常簡(jiǎn)單，個(gè)人覺(jué)得也很實(shí)用，對(duì)于初學(xué)linux或者bash的小伙伴們，我覺(jué)得在很多地方可以解放我們的小手。寫的這個(gè)腳本是因?yàn)閹煹軒熋脗冇?..
