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轉(zhuǎn)錄組入門（8）：差異基因結(jié)果注釋作業(yè)要求 我們統(tǒng)一選擇p<0.05而且abs(log2FC)大于1的基因?yàn)轱@著差異表達(dá)基因集，對這個(gè)基因集用R包做KEGG/GO超幾何分布檢驗(yàn)分...
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轉(zhuǎn)錄組入門（7）：差異基因分析
作業(yè)要求 這個(gè)步驟推薦在R里面做，載入表達(dá)矩陣，然后設(shè)置好分組信息，統(tǒng)一用DEseq2進(jìn)行差異分析，當(dāng)然也可以走走edgeR或者limma的vo...
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轉(zhuǎn)錄組入門（6）：reads計(jì)數(shù)
作業(yè)要求 1.實(shí)現(xiàn)這個(gè)功能的軟件也很多，還是煩請大家先自己搜索幾個(gè)教程，入門請統(tǒng)一用htseq-count，對每個(gè)樣本都會(huì)輸出一個(gè)表達(dá)量文件。2...
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轉(zhuǎn)錄組入門（5）：序列比對作業(yè)要求 比對軟件很多，首先大家去收集一下，因?yàn)槲覀兪菐Т蠹胰腴T，請統(tǒng)一用hisat2，并且搞懂它的用法。直接去hisat2的主頁下載index...
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轉(zhuǎn)錄組入門（4）：了解參考基因組及基因注釋作業(yè)要求 在UCSC下載hg19參考基因組，群主博客有詳細(xì)說明，從gencode數(shù)據(jù)庫下載基因注釋文件，并且用IGV去查看你感興趣的基因的結(jié)構(gòu)，...
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轉(zhuǎn)錄組入門（3）：了解fastq測序數(shù)據(jù)作業(yè)要求 需要用安裝好的sratoolkit把sra文件轉(zhuǎn)換為fastq格式的測序文件，并且用fastqc軟件測試測序文件的質(zhì)量！作業(yè)，理解測序...
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轉(zhuǎn)錄組入門（2）：讀文章獲取測序數(shù)據(jù)作業(yè)要求 本系列課程學(xué)習(xí)的文章是：AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and ...
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轉(zhuǎn)錄組入門（1）：計(jì)算機(jī)及軟件安裝
作業(yè)要求 最好是有mac或者linux系統(tǒng)，8G+的內(nèi)存，500G的存儲(chǔ)即可。需要安裝的軟件包括 sratoolkit,fastqc,hisat...
