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使用TransDecoder尋找轉(zhuǎn)錄本中的編碼區(qū)
TransDecoder能夠從轉(zhuǎn)錄本序列中鑒定候選編碼區(qū)。這些轉(zhuǎn)錄本序列可以來自于Trinity的從頭組裝，或者來自于Cufflinks或者St...
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學(xué)好統(tǒng)計，我10分鐘就完成了別人服務(wù)器通宵才完成的分析果子老師做過一個非常驚人的舉動，用DESeq2處理1225例樣本的TCGA數(shù)據(jù)，在沒有使用DESeq多線程參數(shù)parallel的情況下，跑了將近...
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使用edgeR進(jìn)行無重復(fù)差異表達(dá)分析寫這篇文章一部分原因是填2年前的一個坑 轉(zhuǎn)錄組入門（7）：差異表達(dá)分析. 另一部分原因是GQ最近又在搞一波無重復(fù)的差異表達(dá)分析, 所以專門去學(xué)...
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「單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組系列」如何從稀疏矩陣中隨機(jī)提取數(shù)據(jù)進(jìn)行分析
「單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組系列」如何從稀疏矩陣中提取部分?jǐn)?shù)據(jù)進(jìn)行分析 寫了根據(jù)細(xì)胞的元信息來提取數(shù)據(jù)，然后有人問我，如何進(jìn)行隨機(jī)抽樣，這篇文章就來介紹下如何...
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「單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組系列」如何從稀疏矩陣中提取部分?jǐn)?shù)據(jù)進(jìn)行分析這一篇文章是回答知識星球中一位星友的提問，她的電腦內(nèi)存有限，無法直接使用所有數(shù)據(jù)，只能分析部分?jǐn)?shù)據(jù)。 數(shù)據(jù)來源: https://content...
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「單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組系列」如何可靠地確定公共數(shù)據(jù)集的性別太長不看版: 文獻(xiàn)報道XIST和RPS4Y1是區(qū)分性別的兩個高可信度的標(biāo)記基因，因此你沒有必要去用其他性染色體上的基因去確定數(shù)據(jù)集的性別。 不僅...
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「單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組系列」使用scCATCH進(jìn)行聚類結(jié)果自動化注釋目前該軟件只支持Mouse和Human，不支持其他物種，因此不是這兩個物種的小伙伴可以不用看了。 scCATCH全稱是single cell C...
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如何利用clusterProfiler獲取最新的KEGG和基因?qū)?yīng)關(guān)系Y叔的clusterProfiler的一大優(yōu)點(diǎn)就是能夠利用最新的KEGG數(shù)據(jù)庫，而不是停留在最后一個公開版的KEGG數(shù)據(jù)庫(2011-5-15)...
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DESeq2的baseMean和log2FoldChange是如何得到的？
有一個朋友問了我一個問題，DESeq2的baseMean是如何計算？我最初都是認(rèn)為baseMean計算的是對照組的樣本標(biāo)準(zhǔn)化counts的均值。...
