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融合基因和可變剪接融合基因 融合基因的分析也是轉(zhuǎn)錄組下游的一個(gè)分析，通常發(fā)生在染色體重排的情況下，導(dǎo)致距離相隔較遠(yuǎn)的的基因結(jié)合在一起，這種組合會(huì)造成基因失調(diào)和生成...
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DNA甲基化DNA甲基化是表觀遺傳學(xué)研究中的一個(gè)重要一個(gè)分支，符合表觀遺傳學(xué)DNA的序列信息沒(méi)有改變的特地點(diǎn)，而是DNA的堿基發(fā)生了化學(xué)修飾。最常見(jiàn)的一種修...
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無(wú)參轉(zhuǎn)錄組序列組裝 — Trinity轉(zhuǎn)錄組分析策略 轉(zhuǎn)錄組分析策略根據(jù)有無(wú)參考轉(zhuǎn)錄組可以分為兩類(lèi)： 有參比對(duì)—定量—差異分析—功能富集分析等 無(wú)參組裝—定量—差異分析—功能富集分析...
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用「SAR」實(shí)時(shí)監(jiān)控記錄CPU，memory和I/O在做一些軟硬件測(cè)評(píng)的工作，需要記錄并統(tǒng)計(jì)每個(gè)流程中每一步所耗資源，如CPU, 內(nèi)存和I/O。在某個(gè)公司分享的方法中，看到他們用「SAR」這個(gè)命令...
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計(jì)算位點(diǎn)的覆蓋度和深度前面搜集了一些計(jì)算測(cè)序覆蓋度和深度的方法，這次詳細(xì)介紹下samtools如何解決了我的問(wèn)題。 計(jì)算WGS/WES/panel捕獲效率/覆蓋度的方...
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計(jì)算WGS/WES/panel捕獲效率/覆蓋度的方法有哪些
WGS, WES, or targeted sequencing數(shù)據(jù)分析的時(shí)候，經(jīng)常需要計(jì)算全基因組整體的平均測(cè)序深度或者 target 區(qū)域的...
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關(guān)于sentieon的幾點(diǎn)補(bǔ)充說(shuō)明sentieon的特點(diǎn) sentieon是一款商業(yè)版call變異的軟件。call變異的軟件很多，為什么sentieon能商業(yè)化（據(jù)說(shuō)價(jià)格還很貴）...
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MACS2文檔學(xué)習(xí)文檔鏈接：https://github.com/taoliu/MACS/MACS2是ChIP-Seq、ATAC-Seq、DNAsel-Seq等分...
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Trim Galore ——自動(dòng)檢測(cè)adapter的質(zhì)控軟件之前分析過(guò)的測(cè)序數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)質(zhì)量都很好，給了我一個(gè)錯(cuò)覺(jué)質(zhì)控的前后差別不是很大，內(nèi)心里對(duì)質(zhì)控這一步也就不是很重視，跑完質(zhì)控有時(shí)也懶得看結(jié)果，拿到一批...
