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金黃葡萄球菌RNA-seq數(shù)據(jù)分析注：已經(jīng)有了fastq.gz格式數(shù)據(jù)，一個(gè)對(duì)照，一個(gè)突變株，每個(gè)處理三個(gè)重復(fù)。 1 fastqc進(jìn)行質(zhì)量控制+結(jié)果解讀 結(jié)果 2 下載金黃葡萄球...
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RNA-seq分析簡(jiǎn)潔版前面RNA-seq分析：從軟件安裝到富集分析部分已經(jīng)把轉(zhuǎn)錄組全部流程走完了一遍，這次利用RNA-seq(2)-2:下載數(shù)據(jù)中下載的肝癌數(shù)據(jù)進(jìn)行分...
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RNA-seq(10):KEGG通路可視化:gage和pathview這部分直接從上部分RNA-seq(9):富集分析(功能注釋)[http://www.itdecent.cn/p/5d82acad6008]的數(shù)...
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RNA-seq分析：從軟件安裝到富集分析詳細(xì)過(guò)程
RNA-seq分析簡(jiǎn)潔版[http://www.itdecent.cn/p/72c871663e62],用重新下載的肝癌數(shù)據(jù)[https://...
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RNA-seq(9):功能富集分析這部分開(kāi)始進(jìn)行基本的富集分析，兩類 A：差異基因富集分析（不需要表達(dá)值，只需要gene name） B: 基因集(gene set)富集分析（不...
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RNA-seq(8): 探索分析結(jié)果:Data visulization寫在前面： 這部分主要做一些數(shù)據(jù)可視化，富集分析暫時(shí)放下一部分，如果想跳過(guò)這里，請(qǐng)直接移步RNA-seq(9):富集分析[https://www...
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RNA-seq(7): DEseq2篩選差異表達(dá)基因并注釋(bioMart)============================================寫在前面：可以參考另外一篇《得到差異基因后怎么做？[ht...
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RNA-seq(6): reads計(jì)數(shù)，合并矩陣并進(jìn)行注釋任務(wù) 1.實(shí)現(xiàn)這個(gè)功能的軟件也很多，還是煩請(qǐng)大家先自己搜索幾個(gè)教程，入門請(qǐng)統(tǒng)一用htseq-count，對(duì)每個(gè)樣本都會(huì)輸出一個(gè)表達(dá)量文件。2.需...
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RNA-seq(5):序列比對(duì)：Hisat2比對(duì)軟件很多，首先大家去收集一下，因?yàn)槲覀兪菐Т蠹胰腴T，請(qǐng)統(tǒng)一用hisat2(官網(wǎng)https://ccb.jhu.edu/software/hi...
