6p21.31這種表示方式在人類遺傳學中用得比較多。在參考基因組出來之前,人們通過做實驗染色的方法將染色體染成很多段(就是那種很經(jīng)典的黑白灰分段...
1. 如何選擇參考基因組?——李恒2017年年底博客 1.1 三種選擇 如果比對到GRCh37/hg19,使用: ftp://ftp-trace...
1. Gencode 官網(wǎng):https://www.gencodegenes.org/ 1.1 The GENCODE Project: Enc...
上一篇寫的是:重復一篇文獻的GWAS(一):基因型數(shù)據(jù)整理這一篇主要講GWAS的核心流程和畫圖。 軟件使用參考:使用GEMMA進行復雜性狀全基因...
文獻:A new regulator of seed size control in Arabidopsis identified by a g...
上個月中旬,出于對GWAS的好奇,我參加了一個培訓班,之后又花了一周的時間來整理聽課筆記,感覺現(xiàn)在對GWAS已經(jīng)有了一個比較全面的認識。 在ca...
比如 個體分型率 < 90% 某一個樣本測出來的標記小于全部標記的90% 標記分型率 < 90% 某一個標記只在小于90%的樣本中存在 最小等位...
在學習基因型填充之前需要了解一下什么是Phasing(基因定相、單倍體分型),主要是參考公眾號堿基礦工中的一篇文章:人類基因組的Phasing原...
1.下機數(shù)據(jù)質量控制 主要是針對低質量的reads和含有adapter的reads,我事先并不知道adapter序列,所以就只過濾了低質量的re...