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理論 | edgeR -- TMM normalization 詳細(xì)計(jì)算過程
最近在看差異分析當(dāng)中原始read counts是如何被校正的，自然就不會(huì)放過差異分析的經(jīng)典之一 —— edgeR. edgeR使用的校正方法稱為...
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理論 | DESeq2 normalized counts -- Median of ratios method在做基因差異表達(dá)分析時(shí)，經(jīng)常會(huì)用DESeq2這個(gè)包，但一直沒有深究其分析的統(tǒng)計(jì)流程。因此，在這里記錄一下DESeq2校正基因表達(dá)的方法 -- 比...
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sortmerna 去除rRNAsortmerna是一款檢測(cè)文庫(kù)中rRNA含量，并去除rRNA reads的軟件。當(dāng)懷疑文庫(kù)中包含的rRNA比例較高時(shí)，這款軟件可以派上用場(chǎng)。以...
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理論 | 簡(jiǎn)述RPKM，F(xiàn)PKM，TPM在高通量測(cè)序數(shù)據(jù)的分析中，僅僅靠raw read counts描述基因的表達(dá)量是遠(yuǎn)遠(yuǎn)不夠的。受限于測(cè)序過程中的技術(shù)因素影響，read count...
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簡(jiǎn)單的轉(zhuǎn)錄組差異基因表達(dá)分析 -- edgeR經(jīng)典的轉(zhuǎn)錄組差異分析通常會(huì)使用到三個(gè)工具limma/voom, edgeR和DESeq2， 今天我們同樣使用一個(gè)小規(guī)模的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)來(lái)演示ed...
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簡(jiǎn)單的轉(zhuǎn)錄組差異基因表達(dá)分析 -- DESeq2經(jīng)典的轉(zhuǎn)錄組差異分析通常會(huì)使用到三個(gè)工具limma/voom, edgeR和DESeq2。今天我們就通過一個(gè)小規(guī)模的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)來(lái)演示DESe...
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R實(shí)戰(zhàn) | TCGA數(shù)據(jù)挖掘復(fù)現(xiàn)--BRCA篇本文寫于觀看生信技能樹公眾號(hào)（vx: biotrainee）的七步走純R代碼通過數(shù)據(jù)挖掘復(fù)現(xiàn)一篇實(shí)驗(yàn)文章（第1到6步）[https://mp.w...
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R實(shí)戰(zhàn) | 用R也可以完成的RNA-Seq分析-1學(xué)習(xí)最好的方式就是分享。 最近看到一個(gè)在R上進(jìn)行的RNA-seq 分析流程，恰好自己也有過RNA-seq分析的經(jīng)驗(yàn)，所以就想結(jié)合以前的經(jīng)驗(yàn)分享這...
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R實(shí)戰(zhàn) | 用R也可以完成的RNA-Seq分析-2Pre-processing 本文將要介紹的是在R中進(jìn)行RNA-seq 數(shù)據(jù)預(yù)處理的實(shí)戰(zhàn)代碼原文地址：https://bioinformatic...
