最近在看差異分析當(dāng)中原始read counts是如何被校正的,自然就不會(huì)放過差異分析的經(jīng)典之一 —— edgeR. edgeR使用的校正方法稱為...
在做基因差異表達(dá)分析時(shí),經(jīng)常會(huì)用DESeq2這個(gè)包,但一直沒有深究其分析的統(tǒng)計(jì)流程。因此,在這里記錄一下DESeq2校正基因表達(dá)的方法 -- 比...
sortmerna是一款檢測(cè)文庫(kù)中rRNA含量,并去除rRNA reads的軟件。當(dāng)懷疑文庫(kù)中包含的rRNA比例較高時(shí),這款軟件可以派上用場(chǎng)。以...
在高通量測(cè)序數(shù)據(jù)的分析中,僅僅靠raw read counts描述基因的表達(dá)量是遠(yuǎn)遠(yuǎn)不夠的。受限于測(cè)序過程中的技術(shù)因素影響,read count...
經(jīng)典的轉(zhuǎn)錄組差異分析通常會(huì)使用到三個(gè)工具limma/voom, edgeR和DESeq2, 今天我們同樣使用一個(gè)小規(guī)模的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)來(lái)演示ed...
經(jīng)典的轉(zhuǎn)錄組差異分析通常會(huì)使用到三個(gè)工具limma/voom, edgeR和DESeq2。今天我們就通過一個(gè)小規(guī)模的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)來(lái)演示DESe...
本文寫于觀看生信技能樹公眾號(hào)(vx: biotrainee)的七步走純R代碼通過數(shù)據(jù)挖掘復(fù)現(xiàn)一篇實(shí)驗(yàn)文章(第1到6步)[https://mp.w...
學(xué)習(xí)最好的方式就是分享。 最近看到一個(gè)在R上進(jìn)行的RNA-seq 分析流程,恰好自己也有過RNA-seq分析的經(jīng)驗(yàn),所以就想結(jié)合以前的經(jīng)驗(yàn)分享這...
Pre-processing 本文將要介紹的是在R中進(jìn)行RNA-seq 數(shù)據(jù)預(yù)處理的實(shí)戰(zhàn)代碼原文地址:https://bioinformatic...