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mcmctree估算物種分歧時(shí)間推斷物種系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系以及分歧時(shí)間對(duì)探討物種起源與演化具有重要意義。通過最大似然法（ML）構(gòu)建物種進(jìn)化樹以及估算物種分化時(shí)間在比較基因組學(xué)的研究進(jìn)...
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系統(tǒng)發(fā)育樹shell工具Newick UtilitiesNewick Utilities是一套用于處理系統(tǒng)發(fā)育樹的unix shell工具，其功能包括重置根（re-root）、提取子樹、修剪、合并枝以...
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Win/Linux平臺(tái)批量處理FASTA文件的工具基因組測序技術(shù)的發(fā)展使得生物序列日益增多，從大量序列數(shù)據(jù)中挖掘有用的信息成為許多研究領(lǐng)域的重要手段，這就使得我們必須掌握一些序列處理的方法。其中...
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標(biāo)準(zhǔn)差與標(biāo)準(zhǔn)誤
標(biāo)準(zhǔn)差 在統(tǒng)計(jì)中，標(biāo)準(zhǔn)差是一種用于量化一組數(shù)據(jù)值的變化或分散程度的度量。一個(gè)較大的標(biāo)準(zhǔn)差，代表大部分?jǐn)?shù)值和其平均值之間差異較大；一個(gè)較小的標(biāo)準(zhǔn)差...
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ggplot2：堆積柱形圖輸入文件格式如下： 參考鏈接：http://theduke.at/blog/science/beginners-guide-to-creatin...
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祖先狀態(tài)重建—揭示物種性狀的起源與演化我覺得處理任何事情，不僅要做到“知其然”，還要做到“知其所以然”。在做事情時(shí)，如果僅知道低頭蠻干，不知道抬頭看路；只知道跟著“牽牛繩”的方向，在...
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GO富集可視化：clusterProfiler+GOplot現(xiàn)在的社會(huì)正處于大數(shù)據(jù)時(shí)代，生物學(xué)研究領(lǐng)域也迎來了大組學(xué)時(shí)代。無論是植物。動(dòng)物，還是微生物，都有許多物種被測序。在后續(xù)的個(gè)性化分析過程中，通常會(huì)...
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學(xué)會(huì)正確選擇多序列比對(duì)（coding-sequences）軟件前幾天，實(shí)驗(yàn)室的師弟師妹通過本地blast獲取一些沒有基因組注釋物種的蛋白編碼序列。原本以為可以快速地進(jìn)行下一步的選擇壓力分析，沒想到卻在多序列...
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系統(tǒng)發(fā)育比較分析—R系統(tǒng)發(fā)育樹是研究物種進(jìn)化歷史必不可少的信息，我們可以利用它得到一些重要?dú)v史線索，如： 生物多樣性（物種形成或滅絕）； 物種性狀進(jìn)化與多樣化（Ch...
