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如何通過一致性聚類實現(xiàn)對表達譜數(shù)據(jù)的亞型分類
?通過ConsensusClusterPlus包對基因表達譜執(zhí)行一致性聚類（Consensus Clustering） 在大樣本的組學(xué)分析中，經(jīng)...
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快速獲取功能相關(guān)基因
一個Python爬蟲，快捷批量爬取與感興趣功能有關(guān)的基因 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析中，老師會碰到這樣的問題： （1）這么多差異表達基因中，哪些基因參與了特...
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R包goseq的GO富集分析（有參情形）
前面已經(jīng)講述了R包clusterProfiler的GO富集分析[http://www.itdecent.cn/p/51af63922e26]方...
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使用clusterProfiler進行GO、KEGG富集分析（有參情況）尋找差異表達的基因并識別它們的功能，是我們進行RNA測序的最主要目的。很明顯，這些差異的基因必然與功能改變密切相關(guān)，例如，比較患病個體與正常個體...
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信號通路的富集（KEGG）
使用R語言clusterProfiler包進行KEGG富集分析（有參分析） 我們在前面的視頻教程中，為大家講述了GO、KEGG富集分析的基本原理...
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一種ceRNA關(guān)系網(wǎng)絡(luò)的新穎畫法，R語言繪制沖擊圖（桑基圖）教程在ceRNA相關(guān)的研究中，例如circRNA-miRNA-mRNA，或者lncRNA-miRNA-mRNA的靶向關(guān)系圖譜，一般通過網(wǎng)絡(luò)圖呈現(xiàn)。首...
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Venn圖難以展示大于5組的集合怎么辦？用UpSet圖表示Venn圖經(jīng)常用于表現(xiàn)組間重疊元素的數(shù)量信息。但是隨著分組數(shù)量的增多，Venn圖的結(jié)構(gòu)會越漸復(fù)雜，如下所示，當(dāng)分組數(shù)量為5組時，已經(jīng)不容易從中識...
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基因表達相關(guān)性也可以用弦圖可視化（R語言）表達譜分析中，經(jīng)常會使用到相關(guān)性分析，探索一組基因間的共表達特征。例如，這些基因間的表達是否存在較強的協(xié)同性，一個基因表達值的改變是否與另一個基...
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嵌套Venn圖的繪制（R語言）
?如何在差異基因Venn圖中同時標(biāo)識上下調(diào)基因數(shù)量信息 韋恩（Venn）圖是常見統(tǒng)計圖之一，用于展示各樣本（或分組）之間共有（或特有）元素的數(shù)量...
