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2023-02-14——r修改r包安裝目錄
查看r包安裝位置，一般都在home下編輯 然后再查看r包安裝位置 接著刪除之前的home文件
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2022-10-24_物種之間ID轉換表格下載ensembl鏈接：http://www.ensembl.org/biomart/martview/abc8d48c9acf49029579e6aa3d303...
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11.BWA重新跑-qualimap-GATK重新跑的腳本 跑完之后的就有chr了 qualimap log的一部分截圖如上面，跑成功了 GATK 1.1 markduplicate 跑完了...
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10-GATK的最佳實踐-bqsr檢查
前面sed跑完之后就可以跑bqsr了，sed還是很快的，在跑一下 看著一點第一個出來的log。recal，那個chrMT還有沒有問題了 才跑到1...
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9-GATK的最佳實踐-更改chr.bam的chrMT-chrM
重新運行bqsr, 一步一步來做 所以查看自己的chr的bam的文件，將chrMT修改為chrM 腳本 跑起來 這個腳本感覺很簡單所以就直接在這...
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文章復現(xiàn)-全外顯子數(shù)據分析學習7-bam文件載入igv可視化what is bam bam（或者是sam，cram）文件，是比對后拿到的文件，sam文件是純文本，非常占用存儲空間，bam是sam的二進制格...
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文章復現(xiàn)-全外顯子數(shù)據分析學習6 qualimap下載CCDS install Qualimap :: Anaconda.org[https://anaconda.org/bioconda/qu...
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文章復現(xiàn)-全外顯子數(shù)據分析學習4 去接頭與質控教程在：腫瘤外顯子數(shù)據處理系列教程（二）質控與去接頭 (qq.com)[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU...
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文章復現(xiàn)-全外顯子數(shù)據分析學習3去接頭前質控教程在：腫瘤外顯子數(shù)據處理系列教程（二）質控與去接頭 (qq.com)[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU...
