查看r包安裝位置,一般都在home下編輯 然后再查看r包安裝位置 接著刪除之前的home文件
鏈接:http://www.ensembl.org/biomart/martview/abc8d48c9acf49029579e6aa3d303...
重新跑的腳本 跑完之后的就有chr了 qualimap log的一部分截圖如上面,跑成功了 GATK 1.1 markduplicate 跑完了...
前面sed跑完之后就可以跑bqsr了,sed還是很快的,在跑一下 看著一點第一個出來的log。recal,那個chrMT還有沒有問題了 才跑到1...
重新運行bqsr, 一步一步來做 所以查看自己的chr的bam的文件,將chrMT修改為chrM 腳本 跑起來 這個腳本感覺很簡單所以就直接在這...
what is bam bam(或者是sam,cram)文件,是比對后拿到的文件,sam文件是純文本,非常占用存儲空間,bam是sam的二進制格...
下載CCDS install Qualimap :: Anaconda.org[https://anaconda.org/bioconda/qu...
教程在:腫瘤外顯子數(shù)據處理系列教程(二)質控與去接頭 (qq.com)[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU...
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