23篇文章 · 10963字 · 10人關(guān)注
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chipseeker包的一些參數(shù)上的理解關(guān)于tssRegion參數(shù)： 理解：1、TSS是： 轉(zhuǎn)錄時，mRNA鏈第一個核苷酸相對應DNA鏈上的堿基它的上游是promoter它的下游就是相...
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chip-seq的chipseeker包的使用新年快樂~ 1、chipseeker包的介紹： ①、南科大Y叔寫的包，感謝②、主要是對peaks的注釋和可視化 2、這次用的數(shù)據(jù)，是chipse...
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R部分，計算。
要做什么？文章里面的：我自己的表達矩陣的的話：有60564個基因文章里面的“GSE130437_genes.fpkm_table”，有60603...
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生信技能樹，RNA-seq新開了jimmy老師開的服務器，下載數(shù)據(jù)還是跑流程，感覺飛起來了一下，感激萬分。 言歸正傳：下面是新的流程： 文章：兩篇： ①、Cancers ...
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R-做GSEA
先在GSEA下載R的包。代碼如下 input： 昨天到現(xiàn)在，幾乎跑了一整天，但是還是沒有跑出結(jié)果。不知道是哪里出了問題？
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再做GO+KEGG+GSEA1、再做GO 代碼如下 文章里面是做了生物過程和細胞 的兩種分析。 2、再做KEGG分析 代碼如下： input：但是沒有紅藍色的標點。 所以我...
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檢查前面的錯誤+再做熱圖因為后面的數(shù)據(jù)對不上，所以從頭檢查一遍 1、在合并的時候，表達矩陣怎么會有這一列？ input文件夾里面，不知道怎么就加了一個mager的文檔在...
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再做GO分析
代碼如下 文章里面是做了生物過程和分析的兩種分析。
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GO分析-KEGG代碼如下，謝謝指導 input： 生物學意義：BP,CC,MF這些挑選出來的差異化基因主要是富集在哪些通路上。 KEGG通路 input： 謝謝...