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【轉(zhuǎn)錄組08】功能注釋&功能富集上一步差異表達(dá)分析拿到了表達(dá)譜【比如當(dāng)用藥物處理之后，實(shí)驗(yàn)組中哪些基因的表達(dá)發(fā)生了變化】 GO數(shù)據(jù)庫 Gene Ontology 允許在各種水...
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【轉(zhuǎn)錄組07】樣本表達(dá)分布、相關(guān)性分析&差異表達(dá)分析一.樣本表達(dá)分布 箱式圖 小提琴圖 概率密度分布圖 以上三個(gè)圖結(jié)合起來可以看總體樣本表達(dá)分布圖 二.樣本的相關(guān)性 層次聚類樹————通過計(jì)算點(diǎn)與...
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【轉(zhuǎn)錄組06】數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化RPKM/FPKM 箱式圖 過濾后和過濾前的前四行前四列可以看到ENSG00000000005已經(jīng)不存在了【過濾的意義就是去掉空的】
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【轉(zhuǎn)錄組05】基因表達(dá)定量featureCounts 常用參數(shù) salmon定量————不需要比對直接得到參考基因組表達(dá)
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【轉(zhuǎn)錄組04】參考基因組使用兩個(gè)軟件對fq數(shù)據(jù)進(jìn)行比對，得到比對文件sam/bam，并探索比對結(jié)果。三個(gè)常用參考基因組數(shù)據(jù)庫：Ensembl：www.ensembl.o...
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【轉(zhuǎn)錄組03】報(bào)錯分析&數(shù)據(jù)質(zhì)控和過濾轉(zhuǎn)錄組分析總流程 數(shù)據(jù)質(zhì)控 背景知識 數(shù)據(jù)量的統(tǒng)計(jì)方式image.png sra轉(zhuǎn)換成fastq 質(zhì)控 image.pngBut what do...
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【轉(zhuǎn)錄組02】轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)下載從上到下依次是：名字，物種，實(shí)驗(yàn)類型，對整個(gè)文章的概述 從GEO數(shù)據(jù)庫中得到SRA的數(shù)據(jù)編號 數(shù)據(jù)下載 sra下載 aspera下載 ENA數(shù)據(jù)...
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【轉(zhuǎn)錄組01】轉(zhuǎn)錄組背景、環(huán)境設(shè)置（目錄管理）文獻(xiàn)學(xué)習(xí) 【要做筆記】1.A comprehensive evaluation of normalization methods for ill...
