上一步差異表達(dá)分析拿到了表達(dá)譜【比如當(dāng)用藥物處理之后,實(shí)驗(yàn)組中哪些基因的表達(dá)發(fā)生了變化】 GO數(shù)據(jù)庫 Gene Ontology 允許在各種水...
一.樣本表達(dá)分布 箱式圖 小提琴圖 概率密度分布圖 以上三個(gè)圖結(jié)合起來可以看總體樣本表達(dá)分布圖 二.樣本的相關(guān)性 層次聚類樹————通過計(jì)算點(diǎn)與...
RPKM/FPKM 箱式圖 過濾后和過濾前的前四行前四列可以看到ENSG00000000005已經(jīng)不存在了【過濾的意義就是去掉空的】
featureCounts 常用參數(shù) salmon定量————不需要比對直接得到參考基因組表達(dá)
使用兩個(gè)軟件對fq數(shù)據(jù)進(jìn)行比對,得到比對文件sam/bam,并探索比對結(jié)果。三個(gè)常用參考基因組數(shù)據(jù)庫:Ensembl:www.ensembl.o...
轉(zhuǎn)錄組分析總流程 數(shù)據(jù)質(zhì)控 背景知識 數(shù)據(jù)量的統(tǒng)計(jì)方式image.png sra轉(zhuǎn)換成fastq 質(zhì)控 image.pngBut what do...
從上到下依次是:名字,物種,實(shí)驗(yàn)類型,對整個(gè)文章的概述 從GEO數(shù)據(jù)庫中得到SRA的數(shù)據(jù)編號 數(shù)據(jù)下載 sra下載 aspera下載 ENA數(shù)據(jù)...
文獻(xiàn)學(xué)習(xí) 【要做筆記】1.A comprehensive evaluation of normalization methods for ill...