10篇文章 · 8033字 · 2人關(guān)注
-
同源基因鑒定 | OrthoFinder 2.0 + MAFFT + IQtree
寫(xiě)在前面 寫(xiě)這個(gè)貼子純粹為了記錄一下自己的雙面打工人的生活，然后再總結(jié)一下自己的工作方法還有哪些地方存在問(wèn)題，希望下次再遇到這些小問(wèn)題的時(shí)候可以...
-
OrthoFinder2：直系同源基因的尋找以及Orthogroup構(gòu)建
OrthoFinder2算法解讀 1）基因樹(shù)的構(gòu)建， 尋找序列之間的同源關(guān)系（相似度的計(jì)算）：diamond，blast，mmseq2 基因樹(shù)的...
-
「轉(zhuǎn)錄組」WGCNA實(shí)戰(zhàn)原理兩不誤表達(dá)矩陣的處理 后續(xù)分析所用到的數(shù)據(jù)，均為FPKM標(biāo)準(zhǔn)化后的表達(dá)矩陣。 從流程上對(duì)WGCNA進(jìn)行解讀 1）當(dāng)對(duì)芯片數(shù)據(jù)或者RNA-Seq等數(shù)據(jù)完...
-
「有譜軟件推薦」GFF、GTF文件處理工具：AGAT
早前接觸到RNA-Seq，在進(jìn)行GFF轉(zhuǎn)GTF這一步時(shí)，使用的是cufflinks的附屬工具gffread， 但是發(fā)現(xiàn)如果GFF更加不規(guī)則一些，...
-
【Jellyfish和KMC，我應(yīng)該選誰(shuí)？】
比較軟件： Jellyfish 2.3.0 KMC 3.2.1 使用數(shù)據(jù)：大腸桿菌基因組 但是histo文件似乎有一些不一樣。 1、jellyf...
-
【如何使用Jellyfish進(jìn)行Kmer頻數(shù)統(tǒng)計(jì)分析？】2022年版本
軟件概述 將基因組等序列文件，按長(zhǎng)度為K的字符串進(jìn)行切割、歸類(lèi)以及頻數(shù)統(tǒng)計(jì)。 軟件安裝 軟件版本：2.3.0 軟件使用 可以直接查看幫助文檔：m...
-
【SubPhaser-多倍體亞基因組分型流程解讀】寫(xiě)本篇文章，主要目的是從tmp文件和軟件運(yùn)行信息解讀亞基因組分型分析。 進(jìn)入tmp文件夾之后，其實(shí)就可以看到對(duì)應(yīng)的文件： 如何查看什么步驟產(chǎn)生了...
-
【如何拆分多倍體亞基因組？】SubPhaser軟件SubPhaser原文鏈接：https://nph.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/nph.18173[...
-
【JCVI】安裝與使用LAST依賴(lài)庫(kù)安裝 方法1：手動(dòng)下載-自行編譯 方法2：conda安裝 Python版 MCScan安裝 初次調(diào)用jcvi需要輸入JGI的賬號(hào)和...
