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變異數(shù)據(jù)處理（4）corralation 0.輸入數(shù)據(jù)和R包 2.任意兩個(gè)基因的相關(guān)性分析 2.1 簡單繪圖 使用ggpbur。 2.2 按照stage分組 不僅...
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變異數(shù)據(jù)處理（3）任意基因的任意分組比較 0.輸入數(shù)據(jù) 這里面的數(shù)據(jù)： exp是tumor-normal都有的表達(dá)矩陣，exprSet是只有tumor樣本的表達(dá)矩...
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變異數(shù)據(jù)處理（2）signafiture 0.R包 1.讀取突變數(shù)據(jù)maf 是和上一篇一樣的數(shù)據(jù)，從gdc下載的maf文件和臨床信息 2.制作signatures...
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變異數(shù)據(jù)處理（1）maftools 變異數(shù)據(jù)處理的總體思路如下： 思維導(dǎo)圖 1.數(shù)據(jù)下載 TCGA的突變數(shù)據(jù)有4個(gè)軟件得到的不同版本： 這個(gè)可以在gdc的官網(wǎng)上找...
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十二、三圖聯(lián)動(dòng)
1.準(zhǔn)備輸入數(shù)據(jù) 2.挑選感興趣的基因構(gòu)建coxph模型 用survival::coxph()函數(shù)構(gòu)建模型 3.模型可視化-森林圖 4.模型預(yù)測...
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十一、timeROC
1.準(zhǔn)備輸入數(shù)據(jù) 2.構(gòu)建lasso回歸模型 輸入數(shù)據(jù)是表達(dá)矩陣(僅含tumor樣本)和對(duì)應(yīng)的生死。 3.模型預(yù)測和評(píng)估 3.1自己預(yù)測自己 3...
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十、SVM
svm 1.準(zhǔn)備輸入數(shù)據(jù) 2.構(gòu)建支持向量機(jī)模型 2.1.切割數(shù)據(jù) 用R包c(diǎn)aret切割數(shù)據(jù)，生成的結(jié)果是一組代表列數(shù)的數(shù)字，用這些數(shù)字來給表達(dá)...
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九、隨機(jī)森林
1.準(zhǔn)備輸入數(shù)據(jù) 輸入數(shù)據(jù)是腫瘤樣本表達(dá)矩陣exprSet、臨床信息meta 2.構(gòu)建隨機(jī)森林模型 輸入數(shù)據(jù)是表達(dá)矩陣(僅含tumor樣本)和對(duì)...
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八、cox-forest
1.準(zhǔn)備輸入數(shù)據(jù) 2.挑選感興趣的基因構(gòu)建coxph模型 出自文章Integrated genomic analysis identifies ...
