9篇文章 · 13381字 · 6人關(guān)注
-
RNA-seq數(shù)據(jù)的上游處理及工具HISAT2; STAR; RSEM; featureCounts; Htseq-count; kallisto; salmon
歡迎批評(píng)指正 一、上游處理流程 上游處理步驟包括質(zhì)量檢測、質(zhì)量控制、比對(duì)、定量[2]，每一步處理數(shù)據(jù)的目的都是不同，也有相關(guān)的軟件與之對(duì)應(yīng)。通過...
-
featureCounts幫助文檔
featureCounts --help
-
理解并操作BAM文件經(jīng)過了第四節(jié)的長文，我想大家基本上已經(jīng)知道了一個(gè)WGS流程該如何構(gòu)建起來了吧。但在那一節(jié)中限于篇幅有兩個(gè)很重要的文件我沒能展開來講，分別是：BA...
-
FASTA和FASTQ在WGS數(shù)據(jù)的分析過程中，我們會(huì)接觸到許多生物信息學(xué)/基因組學(xué)領(lǐng)域所特有的數(shù)據(jù)文件和它們特殊的格式，在這一節(jié)中將要介紹的FASTA和FASTQ便...
-
rsem-calculate-expression幫助文檔
rsem-calculate-expression --help
-
STAR幫助文檔
STAR --help
-
RNA-seq分析（STAR-RSEM-DESeq2）
一、準(zhǔn)備RNA-seq數(shù)據(jù) 需要參考基因組文件，注釋文件，樣本的fastq.gz文件 檢查fastq.gz是否完整 二、fastqc生成質(zhì)量報(bào)告...
