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基因家族分析（9）物種間的共線性分析及jcvi繪圖物種間的共線性 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 種間共線性分析仍然使用 mcscanx 軟件，這里用擬南芥和苦蕎之間的共線性分析舉例。需要準(zhǔn)備的是兩物種的蛋白質(zhì)序列和...
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基因家族分析（8）染色體核型圖繪制mapchart 是一款 windows 系統(tǒng)軟件，可以用來繪制基因在染色體上的位置信息。本節(jié)將生成 mapchart 的配置文件，用來作圖。 ...
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基因家族分析（7）種內(nèi)共線性分析及circos繪圖MCscanX 軟件用來做植物基因的共線性分析, 也可以做復(fù)制基因的分類分析，查看基因家族成員是否由 segmental 復(fù)制產(chǎn)生。 準(zhǔn)備MCs...
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基因家族分析（6）順式作用元件預(yù)測本節(jié)講解如何進(jìn)行順式作用元件預(yù)測。一般提取基因上游 1000-2000bp 序列作為 promoter 區(qū)域，用于進(jìn)行順式作用原件預(yù)測。 大家可...
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基因家族分析（5）繪制基因結(jié)構(gòu)圖本節(jié)介紹一款在線繪制基因結(jié)構(gòu)的工具Gene Structure Dispaly Server（GSDS），簡單好用功能強(qiáng)大。將基因家族成員 gf...
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基因家族分析（4）motif 預(yù)測本節(jié)講解如何進(jìn)行 motif 預(yù)測，seqlogo 和motif位置展示。 motif預(yù)測 motif 預(yù)測使用 meme 軟件進(jìn)行預(yù)測，有在線...
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基因家族分析（3）進(jìn)化樹構(gòu)建及美化基因家族樹構(gòu)建最常用的方法是 NJ 法和 ML 方法，構(gòu)建進(jìn)化樹之前，需要進(jìn)行多序列比對。 多序列比對 多序列比對的作用是將核酸或者氨基酸序列對...
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基因家族分析（2）鑒定基因家族成員鑒定的主要方法為序列相似性比對和功能結(jié)構(gòu)域預(yù)測。以苦蕎的MAPK基因家族的鑒定為例。 苦蕎基因組數(shù)據(jù)處理 下載并解壓后需要使用文件如...
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基因家族分析（1）數(shù)據(jù)準(zhǔn)備及軟件安裝基因組數(shù)據(jù)的準(zhǔn)備 進(jìn)行全基因水平的基因家族鑒定之前，需要準(zhǔn)備好一套基因組數(shù)據(jù)，基因組數(shù)據(jù)可以從公共數(shù)據(jù)庫下載，也可以根據(jù)基因組文獻(xiàn)提供的地址到指...
