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Seurat的scATAC-seq分析流程Seurat 3.X版本能夠整合scRNA-seq和scATAC-seq, 主要體現(xiàn)在： 基于scRNA-seq的聚類結(jié)果對scATAC-seq...
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pandas實現(xiàn)篩選功能方式【探索AnnData數(shù)據(jù)格式】1. 篩選出數(shù)據(jù)的指定幾行數(shù)據(jù) adata.obs[1:10] 2. 篩選出數(shù)據(jù)某列為某值的所有數(shù)據(jù)記錄 adata.obs[adata.obs...
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pandas把Series組合成DataFrame
pandas如何把Series組合成DataFrame呢？這個要分情況而定，可以用pd.DataFrame()方式組合，也可以用concat函數(shù)...
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單細(xì)胞聚類---淺析監(jiān)督學(xué)習(xí)與無監(jiān)督學(xué)習(xí)
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析在線性降維后通常要進(jìn)行聚類，使用到機(jī)器學(xué)習(xí)的常用方法，主要分為有監(jiān)督學(xué)習(xí)[supervised learning]和無監(jiān)督學(xué)習(xí)u...
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scanpy數(shù)據(jù)整合批次效應(yīng)去除原理引用：葬花樸[https://www.cnblogs.com/listen2099/] 1.scanpy.external.pp.mnn_cor...
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anndata稀疏矩陣csr_matrix最近在用scanorama進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)整合的過程中，出現(xiàn)報錯 經(jīng)過檢查發(fā)現(xiàn)是data.X 數(shù)據(jù)格式不正確，需要進(jìn)行格式轉(zhuǎn)換后再整合 這里...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組：單細(xì)胞歸一化和識別高變基因歸一化和回歸不必要的變異 現(xiàn)在我們有了高質(zhì)量的細(xì)胞，我們首先需要探索我們的數(shù)據(jù)并識別任何不需要的變異來源。然后我們需要對數(shù)據(jù)進(jìn)行歸一化，執(zhí)行方差...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)如何處理線粒體基因什么是線粒體基因 線粒體是參與細(xì)胞凋亡啟動和執(zhí)行的主要細(xì)胞器之一。線粒體基因在大多數(shù)細(xì)胞中表達(dá)，其表達(dá)水平是細(xì)胞類型特異性的。也就是說這個也是和...
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從Scanpy的Anndata對象提取信息（適用于單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組且涉及h5文件讀寫）為什么要轉(zhuǎn)格式目前使用最為廣泛的2個單細(xì)胞分析的軟件包是基于R語言的Seurat和基于Python的Scanpy。Seurat的分析對象是一個S...
