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【表觀調(diào)控 實(shí)戰(zhàn)】九、獲得差異基因.bed與批量富集分析這里是佳奧！表觀調(diào)控分析的最后一篇，分析剩余RNA-Seq的數(shù)據(jù)，讓我們開(kāi)始吧！ 1 分離差異表達(dá)基因 第十二步，RNA-gene-bed。 重...
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【表觀調(diào)控 實(shí)戰(zhàn)】八、.bed/.bw文件可視化這里是佳奧！表觀調(diào)控的分析進(jìn)入尾聲，我們來(lái)看看ChIP-Seq分析也會(huì)使用的可視化操作吧。 1 單個(gè).bed文件可視化 回到第十步的環(huán)境。 獲得...
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【表觀調(diào)控 實(shí)戰(zhàn)】七、韋恩圖這里是佳奧，讓我們繼續(xù)作圖的學(xué)習(xí)！ 第八步，peaks-overlap。 1 韋恩圖（作者處理的.bed，參考dm3） 有時(shí)候會(huì)遇見(jiàn)我們實(shí)際使...
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【表觀調(diào)控 實(shí)戰(zhàn)】六、peaks相關(guān)性繪圖與ChIPQC包使用這里是佳奧！初步注釋了peaks，并在組件進(jìn)行了比較，下一步便是用.bw文件計(jì)算相關(guān)性了。 1 ChIP-Seq分析結(jié)果：peaks相關(guān)性繪圖 ...
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【表觀調(diào)控 實(shí)戰(zhàn)】五、DEG分析與peaks注釋分析這里是佳奧，我們繼續(xù)RNA-Seq分析的結(jié)果探究。 第三步，DEG-差異分析。 1 RNA-Seq結(jié)果分析：DEG 歸一化后表達(dá)量成一條線了。 ...
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【表觀調(diào)控 實(shí)戰(zhàn)】四、目標(biāo)基因表達(dá)量、相關(guān)性的可視化與繪圖這里是佳奧，這一篇我們主要在IGV內(nèi)進(jìn)行可視化操作。 由于只是學(xué)習(xí)過(guò)程，這里的數(shù)據(jù)我拿上一次跑ChIP-Seq的.bw文件作為示例。 僅做例子。...
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【表觀調(diào)控 實(shí)戰(zhàn)】三、RNA-Seq數(shù)據(jù)從比對(duì)到定量
上游分析的最后一部分，這里是佳奧，讓我們繼續(xù)吧！ 1 獲取實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)（雙端測(cè)序） raw_fq：下載sra文件，轉(zhuǎn)fq文件。 clean_fq：t...
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【表觀調(diào)控 實(shí)戰(zhàn)】二、ChIP-Seq數(shù)據(jù)從質(zhì)控到Peaks calling這里是佳奧！讓我們繼續(xù)吧！ 這里使用的示例文件是：antiH3K27ry-1和antiH3K27ry-2，直接Google就可以找到。 不過(guò)呢，...
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【表觀調(diào)控（RNA-Seq和ChIP-Seq聯(lián)合分析） 實(shí)戰(zhàn)】一、果蠅參考基因組和原始數(shù)據(jù)下載這里是佳奧！我們開(kāi)始新篇章的學(xué)習(xí)吧！ 本次復(fù)現(xiàn)的文章： 代碼參考： 1 果蠅參考基因組和注釋文件準(zhǔn)備 1.1 參考基因組網(wǎng)站 1.2 gtf注釋...