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前序

還有1個(gè)多月就要畢業(yè)了，而在此之前需要順利完成自己的畢設(shè)，因?yàn)閷?duì)純生物方向一點(diǎn)也不感興趣，所以課題方向選的是生信—TCGA數(shù)據(jù)的利用，雖說(shuō)本科專業(yè)與生物相關(guān)，但在整個(gè)大學(xué)期間基本就是在不掛科的情況下盡可能地與生物對(duì)著干，所以大學(xué)四年過后么，就有一種雖學(xué)生物、但毫不懂生物的狀態(tài)。為了能夠順利拿到畢業(yè)證，經(jīng)過這段時(shí)間的“刻苦鉆研”也算是多少對(duì)于這方面有點(diǎn)了解，因此特地寫個(gè)系列來(lái)鞏固一下這方面知識(shí)的掌握。

對(duì)于數(shù)據(jù)的利用的第一步就是獲取數(shù)據(jù)，對(duì)于數(shù)據(jù)的下載與利用，在這里我下載TCGA數(shù)據(jù)的主要方法就是通過官網(wǎng)的下載工具gdc-client進(jìn)行下載的；

數(shù)據(jù)獲取到本地

1，打開在搜索欄中搜索“TCGA”,然后找到官方網(wǎng)站點(diǎn)進(jìn)去，TCGA官網(wǎng)如下圖所示：

頁(yè)面下滑找到進(jìn)入數(shù)據(jù)庫(kù)入口：Access TCGA Data，點(diǎn)進(jìn)去：

2，點(diǎn)擊上面的「Repository」(倉(cāng)庫(kù))，接下來(lái)就是根據(jù)自己的需要在頁(yè)面的左側(cè)的「Files」和「Cases」進(jìn)行數(shù)據(jù)篩選；

下面我列了兩張圖，一張是TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中的數(shù)據(jù)類型列表，一張是關(guān)于TCGA癌癥簡(jiǎn)稱、英文名字及中文名字：

3，數(shù)據(jù)篩選完之后網(wǎng)頁(yè)的右邊會(huì)有‘購(gòu)物車’(cart)的圖案，根據(jù)自己需要，將需要的文件加入到cart中，添加方式有兩種選擇：

第一種是:「Add all files to the Cart」(將文件全部加入)；

第二種是：自己想要添加哪個(gè)圖案，點(diǎn)擊左邊的“購(gòu)物車”圖案即可；

4，文件選擇完之后，點(diǎn)擊頁(yè)面右上角處的Cart:

5，接下來(lái)就是進(jìn)行數(shù)據(jù)下載，因?yàn)槲沂鞘褂霉倬W(wǎng)的工具進(jìn)行下載的所以需要下載兩個(gè)文件：

一個(gè)是「Manifest」(一個(gè)txt文本，是數(shù)據(jù)下載入口，并不是數(shù)據(jù)本身)；

一個(gè)是左邊的「Metadata」（這個(gè)下載之后是個(gè)json文件，是為了之后進(jìn)行數(shù)據(jù)清洗作準(zhǔn)備的）；

當(dāng)然也可以直接從網(wǎng)站上直接下載數(shù)據(jù)，但這種方式的弊端就是不穩(wěn)定，數(shù)據(jù)中斷時(shí)無(wú)法續(xù)傳；

把文件下載到本地后，是這個(gè)樣子：

6，接下在需要下載官方下載工具「gdc-client」：鏈接地址：gdc-client下載工具，根據(jù)自己系統(tǒng)進(jìn)行下載即可，工具下載完之后不需要安裝就可以直接使用，但是下載數(shù)據(jù)是在命令行中進(jìn)行的，為了方便需要把安裝工具配置到系統(tǒng)中的「環(huán)境變量」

下載工具的「環(huán)境變量」配置

第一步，找到工具所在的安裝目錄，復(fù)制安裝地址：