6??蛋白質(zhì)序列的功能信息分析1:基于蛋白質(zhì)基序motif

序列比對和序列特征分析總目錄

蛋白質(zhì)具有多種生物學(xué)功能，具體可參照《生物化學(xué)》。蛋白質(zhì)若發(fā)揮生物學(xué)功能，須以空間結(jié)構(gòu)形式。而蛋白質(zhì)多肽鏈一旦合成，即可在其他物質(zhì)協(xié)助下，自然折疊，形成一定的空間構(gòu)象。

  • 1 如果兩種蛋白質(zhì)一級結(jié)構(gòu)相似，那么其空間結(jié)構(gòu)和功能也相似，也有例外。
  • 2 分子進化角度，來自不同種屬生物體的同一功能的蛋白質(zhì)，進化位置距離 越近，那么他們一級結(jié)構(gòu)的差別越小。

因為蛋白質(zhì)的空間結(jié)構(gòu)是發(fā)揮功能的基礎(chǔ)，凡是能影響蛋白質(zhì)構(gòu)象的物化和生物因素等，均可影響其功能。

蛋白質(zhì)所具有的生物學(xué)功能常與一些特殊的結(jié)構(gòu)有關(guān)，如特定的基序（又叫模體，motif）和結(jié)構(gòu)域（domain）。具有相同基序或結(jié)構(gòu)域的蛋白質(zhì)可歸為一大類，叫超家族（super family）。

依照蛋白質(zhì)序列特征進行功能預(yù)測，主要有以下幾種方法：

  • 1 基于蛋白質(zhì)基序
  • 2 基于結(jié)構(gòu)域
  • 3 基于同源性搜索

基于蛋白質(zhì)motif

motif是指與蛋白質(zhì)特定功能相關(guān)，具有特定的氨基酸排列順序的片段。如鋅指結(jié)構(gòu)

數(shù)據(jù)庫PROSITE：Database of protein domains, families and functional sites

截止今天，20190202，PROSITE contains 1821 documentation entries, 1310 patterns, 1232 profiles and 1256 ProRule.


PROSITE

PROSITE可以做什么

可以通過蛋白的UniProtKB中的ID，PDB ID或FASTA格式的蛋白質(zhì)序列在PROSITE中搜索，判斷該序列包含的功能位點，從而推測其可能屬于哪個蛋白質(zhì)家族。

還是以HGFAC為例，其UniProtKB ID 為Q04756

詳細結(jié)果頁面

結(jié)果1
結(jié)果2
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