寫在前面

安裝R包報錯的問題從一開始學(xué)生信就一直存在著，但是沒有專門整理一下，前兩天安裝 CHIPseeker 的時候?qū)嵲谑懿涣肆耍驗榕鲆娏撕枚嗫?，于是在這里專門整理一下，方便自己和他人查看

安裝的時候要注意R版本問題（比如 R3.6 以后就無法用 biocLite 了）以及包版本問題，不懂為啥的時候就多嘗試幾種方法，總有一個適合你~

用的 R3.5.0

問題 1 不存在叫‘gplots’這個名字的程輯包

Error: package or namespace load failed for ‘ChIPseeker’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):
 不存在叫‘gplots’這個名字的程輯包
#安裝這個包
> install.packages("gplots")
#繼續(xù)報錯
Warning in install.packages :
  dependency ‘caTools’ is not available
#安裝他的依賴包 caTools
>install.packages("caTools")
Warning in install.packages :
  package ‘caTools’ is not available (for R version 3.5.0)

到這里已經(jīng)沒太有耐心了，然后開始查原因，后面應(yīng)該加一個 type = "binary"
再試一下

>install.packages("caTools", type = "binary")
trying URL 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/windows/contrib/3.5/caTools_1.17.1.4.zip'
Content type 'application/zip' length 329947 bytes (322 KB)
downloaded 322 KB
package ‘caTools’ successfully unpacked and MD5 sums checked

成功解決，安裝 XML 時同樣也是這個問題 ，跟上面是一種解決方式

問題 2 用 BiocManager 下載TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGen報錯
主要問題是包比較老，嘗試用 biocLite 解決

>source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
>biocLite("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGen")
BioC_mirror: https://bioconductor.org
Using Bioconductor 3.8 (BiocInstaller 1.32.1), R 3.5.0 (2018-04-23).
Installing package(s) ‘TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene’
installing the source package ‘TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene’

安裝 TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene 就不能用 biocLite 了

>BiocManager::install("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene")

問題 3 #Error in list2(...) : object '%>%' not found
Error : unable to load R code in package ‘dbplyr’

解決辦法

#去清華鏡像下載源碼
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/contrib/dbplyr_1.4.4.tar.gz
#修改NAMESPACE，重新打包
tar xf dbplyr_1.4.3.tar.gz
echo 'importFrom(magrittr,"%>%")' >> dbplyr/NAMESPACE
tar cf dbplyr_1.4.3.tar.gz dbplyr/
#重新安裝
install.packages('下載路徑/dbplyr_1.4.3.tar.gz')

問題4 #Error：failed to lock directory
應(yīng)該是之前安裝包的時候中途停止了，再重新安裝的時候就會出現(xiàn)這個報錯

解決：去 lib_PATH下把lock文件刪掉

問題 5 as ‘lib’ is unspecified 'lib = "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"' is not writable
路徑問題，首先 .libPaths() 看一下，然后指定一個路徑

> .libPaths()
>.libPaths("/PATH/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.6")  

這里是問題 5的參考

老版本R，在這里MARK以下

最后

雖然討論了一些R包安裝問題，但這應(yīng)（jue）該（dui）不會是我最后一次安裝報錯，以后再遇到會更新的

tidyverse安裝問題

這個包安裝起來太容易報錯了，近期重新安裝了R，將安裝中遇到錯誤的包使用conda安裝上，終于成功了

conda install -c conda-forge r-ragg
######進入R
BiocManager::install("tidyverse")

conda install -c conda-forge r-gert
install.packages("devtools")

再次更新

近期學(xué)習(xí)單細胞相關(guān)內(nèi)容，需要安裝很多R包，經(jīng)過這幾天的折騰，其實發(fā)現(xiàn)也就是那三板斧就可以完成R包的安裝了
如果版本不合適，就去Index of /CRAN/src/contrib/ | 清華大學(xué)開源軟件鏡像站 | Tsinghua Open Source Mirror網(wǎng)站下載安裝包，然后install.packages("/usr/data/Rpackage/xxx.tar.gz")就可以了，如果有需要的依賴無法安裝，那就需要逐步安裝他所需要的依賴，使用conda install -c conda-forge r-xxx，當(dāng)然這一步要慎用，特別是當(dāng)你在一個環(huán)境下有很多R包時，conda打包安裝好之后會跟原來的其他依賴包存在沖突，要多嘗試幾次找到最難安裝的那個包使用conda進行安裝。