分析基因和miRNA與疾病表型的相關(guān)性（WGCNA）

流程圖：

流程圖

1.分別下載某個(gè)疾病基因和miRNA的芯片數(shù)據(jù)
2.分別進(jìn)行聚類分析（WCGNA） 得到基因以及miRNA聚類模塊與表型的關(guān)系
參考：
http://www.bio-info-trainee.com/2535.html
http://www.itdecent.cn/p/e9cc3f43441d

聚類模塊：總是一起變化的一堆基因 或者miRNA
3.用cytoscape 篩選出hub gene 和 hub miRNA
4.可以先用cytoscape分別畫(huà)一下富集分析氣泡圖
5.cytoscape載入miRNA數(shù)據(jù)庫(kù) 然后 以txt文檔模式 輸入hub gene 和 hub miRNA
https://mp.weixin.qq.com/s?src=3&timestamp=1540061942&ver=1&signature=offrbeJZrqLdbSrOSBKCmeM09EoUpgoUOt82iT13Ij2cwE1e8Nm4iJXmr8leWSQqFiyKkH9bn4sDvowTSF-NbepH87nMBxzI7yuNP5hDQDilXWsL1oNwR22RrRHSilLq9BupMpOh9Y71jRJUIfVcFC3Nn-FLb-UwjPK0VY8bE=

  1. 構(gòu)建gene-miRNA network 或者 mRNA-miRNA network

為什么要做WGCNA？它是干什么的？ 還有什么能做？
差異分析得到的gene或者miRNA太多了 通過(guò)聚類分析的方式（原理自己百度） 把基因或者miRNA或者別的 和臨床表型相關(guān)聯(lián) 找出你感興趣的臨床表型 最主要的基因或miRNA 縮小靶基因范圍

LASSO 和COX 也能做類似的 縮小目的基因的事

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