與基因方向相反的read為F1R2里面的first-read

使用特異鏈建庫(kù)的目的就是為了得到read上面帶的正負(fù)鏈信息

因?yàn)镈NA方向是與mRNA方向一致的，在建庫(kù)過(guò)程中，使用一定的手段可以只以mRNA反轉(zhuǎn)錄出來(lái)的第一條鏈（也就是cDNA-反義鏈-不攜帶遺傳信息的鏈，對(duì)應(yīng)的是正義鏈-攜帶遺傳信息，也就是基因），所以在進(jìn)行測(cè)序的時(shí)候就是cDNA的第一條鏈，這個(gè)鏈的方向是和mRNA相反的，也是和DNA（基因）的方向相反。

所以在測(cè)序文件中，r1文件里面的read，應(yīng)該都是與DNA（基因）方向相反，r2文件里面的read，應(yīng)該是與DNA（基因）方向相同

F1R2指的是基因方向?yàn)閺挠蚁蜃螅琭irst read應(yīng)該是在左端

F2R1指的是基因的方向?yàn)閺淖笙蛴遥琭irst read應(yīng)該在右端

如圖，基因方向向右（正鏈），藍(lán)色read箭頭向右的為second read，藍(lán)色箭頭向左的為first read 。都是為了佐證該轉(zhuǎn)錄本的方向?yàn)橄蛴?/div>