去蕪取精,講的在浩如煙海的高通量數(shù)據(jù)中候選有意義的分子,講的是取舍智慧。
1.生信分析:拿到差異分子列表,找到位于調(diào)控網(wǎng)絡(luò)節(jié)點(diǎn)的Hub基因,看已知哪些跟表型相關(guān)性最高,或與通路調(diào)控比較密切(為機(jī)制尋方向)。
2.數(shù)據(jù)挖掘:在高通量數(shù)據(jù)庫(kù)GEO,TCGA,ONCOMINE中挖掘。(可以參看《生信全書(shū)》)
篩選分子是個(gè)平衡的技術(shù)活,線索多的,可靠性高,但創(chuàng)新性低。線索少的,風(fēng)險(xiǎn)較大,失敗率高,但創(chuàng)新性強(qiáng)。校長(zhǎng)選妃推薦3個(gè)標(biāo)準(zhǔn):1.新穎,在別的腫瘤中報(bào)道不超過(guò)2篇,后續(xù)基金對(duì)創(chuàng)新性有要求。2.關(guān)注分子特征:了解分子的大小、細(xì)胞定位、表達(dá)分布、已知功能、不同的轉(zhuǎn)錄本等背景知識(shí)(如Genecards)。3.數(shù)據(jù)庫(kù)或預(yù)實(shí)驗(yàn)二次驗(yàn)證:有無(wú)預(yù)后?表達(dá)情況?等。然后驗(yàn)證分子表型,交互信息,KEGG提示的通路用WB驗(yàn)證。
克服RP差的靈魂:通量。通量解決概率問(wèn)題,不把雞蛋放在一個(gè)籃子里。