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總有人說想要純生信套路，今天它來了。分享一篇最新的純生信單基因獨(dú)立預(yù)后發(fā)文思路的文章，這篇文章發(fā)表在journal of cancer(影響因子：3.565)，發(fā)表時間于2020年10月17日。
研究背景：
核糖核苷二磷酸還原酶亞基M2（RRM2）是核糖核苷酸還原酶的催化亞基，可調(diào)節(jié)酶活性，這對于DNA復(fù)制和修復(fù)至關(guān)重要。然而，RRM2在肺腺癌（LUAD）中的作用仍不清楚。
研究方法：
在這項(xiàng)研究中，我們探討了TCGA，GEO，Oncomine，UALCAN，PrognoScan和 Kaplan-Meier Plotter在LUAD中RRM2的表達(dá)模式和預(yù)后價值，并通過Cox分析證實(shí)了其獨(dú)立的預(yù)后價值。LinkedOmics和GEPIA2用于研究與RRM2相關(guān)的共表達(dá)和功能網(wǎng)絡(luò)。此外，我們使用TIMER來評估RRM2與主要六種腫瘤浸潤免疫細(xì)胞之間的相關(guān)性。最后，通過TIMER門戶通過腫瘤純度校正的部分Spearman秩相關(guān)系數(shù)，檢查了免疫調(diào)節(jié)劑，趨化因子和28種腫瘤浸潤淋巴細(xì)胞（TIL）和RRM2的免疫特征之間的相關(guān)性。
研究結(jié)果：
在TCGA-LUAD的腫瘤組織中發(fā)現(xiàn)RRM2上調(diào)，并在多個獨(dú)立隊列中進(jìn)行了驗(yàn)證。此外，無論是在TCGA還是其他隊列中，均發(fā)現(xiàn)高RRM2表達(dá)與不良的生存率相關(guān)。Cox分析表明，高RRM2表達(dá)是LUAD總體生存，疾病特異性生存和無進(jìn)展生存的獨(dú)立危險因素。功能網(wǎng)絡(luò)分析表明，RRM2通過涉及多種與癌癥相關(guān)的激酶和E2F家族的途徑來調(diào)節(jié)真核生物中的RNA轉(zhuǎn)運(yùn)，卵母細(xì)胞減數(shù)分裂，剪接體，核糖體生物發(fā)生以及細(xì)胞衰老信號傳導(dǎo)。同樣，RRM2表達(dá)與B細(xì)胞，CD4 + T細(xì)胞和嗜中性粒細(xì)胞的浸潤水平相關(guān)。隨后的分析發(fā)現(xiàn)，B細(xì)胞和樹突狀細(xì)胞可以預(yù)測LUAD的預(yù)后。通過Cox分析將B細(xì)胞確定為六種類型免疫細(xì)胞中的獨(dú)立危險因素。最后，相關(guān)分析表明RRM2與我們進(jìn)行的免疫標(biāo)記的67.68％（624/922）相關(guān)。
研究結(jié)論：
我們的研究表明，RRM2可以獨(dú)立預(yù)測LUAD的預(yù)后，并與免疫浸潤有關(guān)。特別是，RRM2和B細(xì)胞標(biāo)記基因之間的緊密關(guān)系是免疫反應(yīng)的潛在中心，也是影響預(yù)后的關(guān)鍵因素之一。我們的發(fā)現(xiàn)為進(jìn)一步研究RRM2在LUAD中的免疫調(diào)節(jié)作用奠定了基礎(chǔ)。
分析內(nèi)容如下：
1、對RRM2做差異分析，并在多個數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行驗(yàn)證
2、RRM2表達(dá)與臨床特征的相關(guān)性分析
3、生存分析
4、單因素、多因素Cox 回歸分析
5、RRM2共表達(dá)分析、GO、KEGG分析
6、RRM2與免疫細(xì)胞的相關(guān)性分析
