資料來源于生信星球
給新手小白的一些重要信息
（1）R的賦值符號不是等號，而是<-
（2）在Console 控制臺(tái)輸入命令，相當(dāng)于Linux的命令行
（3）R的代碼都是帶括號的，括號必須是英文的。
（4）顯示工作路徑 getwd()
（5）向量是由元素組成的，元素可以是數(shù)字或者字符串。
（6）表格在R語言中改名叫數(shù)據(jù)框_
（7）別只復(fù)制代碼，要理解其中的命令、函數(shù)的意思。函數(shù)或者命令不會(huì)用時(shí)，除了百度/谷歌搜索以外，用這個(gè)命令查看幫助：`?read.table·，調(diào)出對應(yīng)的幫助文檔，翻到example部分研究一下。
（8）數(shù)據(jù)類型（重點(diǎn)只有兩個(gè)，剩下的不看）
- 向量（vector）??重要
- 矩陣（Matrix）
- 數(shù)組（Array）
- 數(shù)據(jù)框（Data frame）??重要
- List
第一部分：向量
1、標(biāo)量和向量的區(qū)分
首先明確“元素”的意思，元素用chr表示，指的是數(shù)字或者字符串等，根據(jù)它可以區(qū)分兩個(gè)詞：
標(biāo)量：一個(gè)元素組成的變量
向量：多個(gè)元素組成的變量
（補(bǔ)充：一個(gè)向量是一排有序排列的元素，以后會(huì)用到把一個(gè)向量作為數(shù)據(jù)框中的一列的情況。）
使用的時(shí)候，直接給變量定義就是“賦值”，字面意思是賦予這個(gè)變量一個(gè)數(shù)值（其實(shí)也不一定是數(shù)值，還可以是字符串/數(shù)據(jù)框等等）。
例子：
x<- c(1,2,3) #常用的向量寫法，意為將x定義為由元素1，2，3組成的向量。
x
x<- 1:10 #從1-10之間所有的整數(shù)
x
x<- seq(1,10,by = 0.5) #1-10之間每隔0.5取一個(gè)數(shù)（注意是逗號不是分號）
x
x<- rep(1:3,times=2) #1-3 重復(fù)2次
x
tips:
1.如果你把這幾行代碼都打過了，那么x就被你賦值了4次，結(jié)果就是，第一次賦值被第二次的覆蓋了，第二次的賦值又被第三次的覆蓋了，以此類推，以最后一次為準(zhǔn)哦。
2、從向量中提取元素
- 根據(jù)元素位置
#這里的x是你剛才賦值的變量名，根據(jù)自己的情況來修改
x[4] #x第4個(gè)元素
x[-4]#排除法，除了第4個(gè)元素之外剩余的元素
x[2:4]#第2到4個(gè)元素
x[-(2:4)]#除了第2-4個(gè)元素
x[c(1,5)] #第1個(gè)和第5個(gè)元素
- 根據(jù)值
x[x==10]#等于10的元素
x[x<0]
x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素
R語言運(yùn)算符
鏈接：R語言教程
第二部分：數(shù)據(jù)框
讀取的文件一定要放在對應(yīng)的工作目錄下
1、讀取本地?cái)?shù)據(jù)
read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header = T)
a <- read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header = T)
2、設(shè)置行名和列名
-read.csv('doudou.txt') #在示例數(shù)據(jù)里有doudou.txt 注意這里的變量X是一個(gè)數(shù)據(jù)框
colnames(X) #查看列名
rownames(X) #查看行名,默認(rèn)值的行名就是行號，1.2.3.4...
colnames(X)[1]<-"bioplanet"#有的公司返回?cái)?shù)據(jù)，左上角第一格為空，R會(huì)自動(dòng)補(bǔ)為x,用這個(gè)命令來修改
X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = " ",header =T,row.names=1)#最后row.names的意思是修改第一列為行名
3、數(shù)據(jù)框的導(dǎo)出
write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改為逗號，字符串不加雙引號（默認(rèn)格式帶由雙引號）
4、變量的保存與重新加載
這次沒有處理完的數(shù)據(jù)下次想接著用怎么辦?--學(xué)會(huì)保存和重新加載。保存的格式是RData。
save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存當(dāng)前所有變量
save(X,file="test.RData")#保存其中一個(gè)變量
load("test.RData")#再次使用RData時(shí)的加載命令
5、提取元素
- X[x,y]#第x行第y列
- X[x,]#第x行
- X[,y]#第y列
- X[y] #也是第y列
- X[a:b]#第a列到第b列
- X[c(a,b)]#第a列和第b列
- X$列名#也可以提取列（優(yōu)秀寫法，而且這個(gè)命令還優(yōu)秀到不用寫括號的地步，并且支持Tab自動(dòng)補(bǔ)全哦，不過只能提取一列）
注：這里的變量X，在實(shí)際應(yīng)用中，要根據(jù)自己的變量名進(jìn)行替換。
問題：可能是變量名大小寫不對，也可能是這個(gè)變量不存在。
總結(jié)：非常艱難的練完了課程中涉及到的東西，還要多練習(xí)幾遍，才能熟悉，總之加油吧。
