Microbiome | 華南農大張永亮團隊整合多組學揭示豬脂質代謝在品種間差異的細胞機制

華南農業(yè)大學動物科學學院張永亮團隊聯(lián)合美國農業(yè)部George E. Liu等研究人員,通過單細胞RNA測序、脂質組學與宏基因組學技術,系統(tǒng)解析了藍塘豬(脂肪型)與長白豬(瘦肉型)在空腸、結腸、肝臟和背最長肌中的脂質代謝調控差異。研究發(fā)現品種特異性細胞亞群與分子通路主導脂質消化、吸收、轉化與沉積過程,為改善豬肉品質及人類代謝疾病研究提供了新視角。該成果于2024年發(fā)表于《Microbiome》(IF=15.5)。

PART.01研究背景

豬不僅是中國人肉類消費的主要來源,亦是研究人類脂代謝疾病的理想大動物模型。肌內脂肪含量直接影響豬肉的嫩度、風味等品質性狀,而其異常積累亦與人類肥胖、胰島素抵抗等代謝疾病密切相關。然而,脂質消化、吸收、轉運與沉積的跨組織調控網絡,以及品種間差異的細胞機制尚不清晰。

PART.02研究材料

動物選擇:選取 10 頭中國脂肪型豬(藍塘豬,LT)和 10 頭典型瘦肉型豬(長白豬,LW),均為新生 3 日齡健康純合公豬,每窩 1 頭,排除窩內干擾因素。

樣本采集:豬只屠宰后,新鮮收集 4 類核心組織(空腸、結腸、肝臟、背最長?。?,同時分離血清、空腸內容物、結腸內容物,避免非目標組織(如血漬、脂肪層)污染。

組學方法:

1. scRNA-seq

平臺:10X Genomics Chromium Single-Cell v3,NovaSeq 6000)

樣本/策略:10樣混池(空腸、結腸、肝臟、背最長?。?/p>

2. meta-seq

平臺:Illumina平臺

樣本/策略:每頭豬空腸和結腸內容物

3. lipomics(UHPLC-MS/MS)

平臺:Vanquish UHPLC系統(tǒng) ,Orbitrap Q Exactive HF mass spectrometer

樣本策略:每頭豬單獨采集血清樣本、肝臟(liver)和空腸內容物(jejunum digesta)

PART.03主要結果

多組織單細胞圖譜構建

研究首先繪制了豬四大關鍵組織的單細胞轉錄組圖譜,共分析60,514個高質量細胞,鑒定出20個主要細胞類型(如腸上皮細胞、肝細胞、肌內脂肪細胞等)。


圖1. 豬空腸、結腸、肌肉和肝臟4個組織的單細胞圖譜

腸道脂質吸收的品種分化

長白豬優(yōu)勢:小腸上皮細胞高表達脂肪酸轉運蛋白(SLC27A4)、β-氧化關鍵酶(ACADVL),并富集高密度脂蛋白合成基因(APOA1、ABCA1),表明其脂質吸收后傾向能量供應。

藍塘豬特征:小腸中乳糜微粒合成基因(APOB、NPC1L1)上調,血清甘油三酯水平更高,脂質更易儲存。

圖2. 基于單細胞轉錄組圖譜的豬腸道細胞景觀及營養(yǎng)吸收偏好差異

肝臟與微生物的協(xié)同調控

肝門靜脈區(qū)肝細胞在長白豬中高效參與膽固醇逆向轉運(SCARB1、LRP1)和膽汁酸合成(CYP7A1),而藍塘豬肝臟ANGPTL4表達升高,抑制脂蛋白脂肪酶活性。腸道微生物分析顯示,長白豬小腸菌群富含磷脂降解酶基因,促進脂質消化;藍塘豬結腸中丁酸產生菌(Clostridioides)更豐富,可能與抗病性相關。

圖3. 豬肝臟組織中與膽固醇代謝和膽汁分泌相關基因的獨特表達模式(上)、LT 和 LW 仔豬的豬腸道微生物群和脂質組的組成、豐度及注釋(下)

肌內脂肪生成新機制

肌肉組織中,藍塘豬的纖維-脂肪源性祖細胞(FAPs)亞群呈現更強?adipocytogenesis?潛能,偽時間軌跡分析發(fā)現LT富集基因(如ABCA6、APOD)促進脂質積累,而LW相關基因(如LIFR)抑制脂肪生成。

圖4.?聚類和偽時間軌跡揭示了豬肌肉組織的轉錄動態(tài)


PART.04研究意義

本研究首次在多組織水平揭示豬脂質代謝的細胞調控網絡,不僅為育種改良提供靶點,亦為人類肥胖、肌內脂肪異常沉積等代謝疾病機制研究提供大型動物模型借鑒。細胞轉錄組圖譜的豬腸道細胞景觀及差異性營養(yǎng)吸收偏好。

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