MG2C是一個很純粹的工具。沒有廣告,沒有推廣,不考慮任何利益,純屬業(yè)余愛好。
MG2C是一個很“膚淺”的工具。打開使用界面,參數(shù)、輸入和輸出都在一個界面,看一眼界面就相當于看了使用教程,一目了然。
MG2C是一個很意外的網(wǎng)頁工具。最初開發(fā)1.0版是為了申請軟件著作權(quán)、發(fā)篇文章,然后就沒然后了,這或許就是終點了;后來由于使用者比較多,反饋也比較好,就繼續(xù)維護添加新功能了;
MG2C是一個簡單低配的工具。上線已5年多了,一臺淘汰的小電腦做服務器,一個支持Perl環(huán)境的iis6做操作環(huán)境,一個簡單HTML頁面引用MG2C代碼做使用界面,,外網(wǎng)訪問通過花生殼的內(nèi)網(wǎng)映射,沒有數(shù)據(jù)庫,沒有后臺管理頁面,這就是MG2C的全部了。
MG2C之前一直沒有正式的使用教程,主要是我認為它不需要,看到使用界面,就相當于看到教程了,參數(shù)有介紹,輸入有介紹,輸出也有介紹,還需要更詳細嗎?按網(wǎng)友的反饋,還真需要更直接、更正式的使用教程。那么下面就算是使用教程了。
(1)軟件版本
目前一共有4個版本,1.0/1.1/2.0/2.1。其中1.0和1.1是中文版本,2.0和2.1是英文版本,論功能來說,1.0最簡單,1.1在1.0的基礎上增加了左側(cè)的刻度尺,同時調(diào)整了一下刻度尺參數(shù);2.0在1.1基礎上增加了圖譜顯示的樣式(由3個->5個),同時將中文變成了英文;2.1保持英文界面,增加了分子標記的個性化展示。
(2)輸入數(shù)據(jù)
所有版本的數(shù)據(jù)輸入都需要兩個文件:基因信息文件和染色體信息文件。具體字段信息參考表1,字段與字段之間的分隔符是Tab,換句簡單的話來說,把數(shù)據(jù)在excel表格里整理,之后將數(shù)據(jù)復制粘貼到輸入框里就行了。

? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 圖1. 輸入數(shù)據(jù)的展示。
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?表1. 輸入數(shù)據(jù)的兩個文件包含的字段,不同版本沒有大的變化。

(3)軟件參數(shù)清單(共33個可調(diào)整參數(shù))

(4)輸出結(jié)果
準備好數(shù)據(jù)之后,點Draw或畫圖就可以快速得到結(jié)果了。下面是用2.1版本的例子數(shù)據(jù)畫的圖譜。僅供參考。

? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 圖2 MG2C_2.1繪制的圖譜效果圖
(5) 結(jié)果下載
1.0、1.1、2.0的下載方式可能麻煩了點,需要在here上點右鍵然后保存為svg;

2.1除了提供svg,還提供jpeg/tiff/png格式的下載,這里只需要點擊左鍵就能下載。
Svg格式的圖是矢量圖,可以再次修改調(diào)整。

寫到這里,感覺自己真的很懶,2.1的下載方式就很好,代碼已經(jīng)調(diào)整成功,為啥不把之前的版本也調(diào)整一下呢?一個字懶!
后記:多數(shù)用戶只需關(guān)心能用就行,對于繪圖算法流程則不用關(guān)心,因此把MG2C的算法執(zhí)行流程放在了最后,省得這部分內(nèi)容礙眼。

? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 圖3. MG2C-算法流程
工具引用信息如下:
引用1: Jiangtao Chao#, Zhiyuan Li#, Yuhe Sun, Oluwaseun Olayemi Aluko, Xinru Wu, Qian Wang?and Guanshan Liu.(2021). MG2C: a user-friendly online tool for drawing genetic maps. Molecular Horticulture,1:16.
引用2:MapGene2Chrom基于Perl和SVG語言繪制基因物理圖譜. 晁江濤, 孔英珍, 王倩, 孫玉合, 龔達平, 呂婧, 劉貫山. 遺傳, 2015, 35(1): 91-97.
Chao Jiangtao, Kong, Yingzhen, Wang Qian, Sun Yuhe, Gong Daping, Lv Jing, Liu Guanshan*. (2015). Mapgene2chrom, a tool to draw gene physical map based on perl and svg languages. Hereditas, 37(1):91-97