不用復雜代碼!用這套流程輕松搞定單細胞分析-簡析基因

第一步先準備單細胞數(shù)據(jù)集,包括三種格式的文件

可以直接在線建庫,當然如果對分析一知半解,格式啥的也分不清,就可以聯(lián)系后臺管理員,他給你建庫

一、準備你的單細胞數(shù)據(jù)集

分析的第一步,是準備好你的單細胞數(shù)據(jù)。平臺支持多種格式的文件,你可以根據(jù)自己的情況選擇:

標準格式文件:可以直接在線建庫,上傳你的數(shù)據(jù)即可。

格式不熟悉:如果對文件格式不太了解,或者分不清具體類型,可以直接聯(lián)系后臺管理員,由管理員協(xié)助完成建庫。


https://www.ezygene.com/tool/dataset-create

部分樣本分析:如果你只需要提取部分樣本進行單獨分析,也可以使用平臺的「部分樣本建庫」功能。

已有 RDS 文件:如果你已經(jīng)有了 RDS 文件,也可以聯(lián)系管理員協(xié)助建庫,只需修改好注釋信息的名稱,后續(xù)就能清晰區(qū)分,直接開始分析。

數(shù)據(jù)準備完成后,就可以正式開始你的單細胞分析之旅了。

https://www.ezygene.com/tool/partial-dataset-create

二、基礎分析四部曲:質控、過濾、去批次、聚類

平臺為你梳理了單細胞分析的標準流程,從最基礎的質控、過濾 + 去雙細胞,到批次效應去除、細胞聚類分析,這 “四部曲” 將帶你快速踏入單細胞分析的大門,打好后續(xù)所有高級分析的基礎。

四部曲帶你走進踏入單細胞分析的旅途

三、構建高級分析對象,解鎖個性化研究

完成基礎分析后,你就可以構建高級分析對象,開啟更深入的個性化研究了:

你可以選擇單個或多個數(shù)據(jù)集,在完成基礎分析和亞群注釋后,直接進行細胞通訊、富集分析、軌跡分析、虛擬基因敲除等高級分析。

也可以在亞群注釋后,選擇特定的細胞亞群進行二次聚類,開展更精細化的亞群研究。

平臺支持大小群任務合并:你可以將第一步得到的大群分析結果,與第二步得到的小亞群分析任務進行合并,實現(xiàn)從宏觀到微觀的完整分析鏈路。

選擇一個或者多個數(shù)據(jù)集進行基礎分析,亞群注釋后,進行個性化分析(細胞通訊,富集分析,軌跡分析,虛擬基因敲除等等)


選擇一個或者多個數(shù)據(jù)集進行基礎分析,亞群注釋后(可選),選擇部分細胞進行二聚類


大小群合并:第一步得到的大群,和第二步得到的小亞群的任務,合并

這些準備工作完成后,就可以一鍵解鎖當前單細胞研究中的主流高級分析了:從 CNV 分析、軌跡推斷、轉錄因子預測,到細胞通訊、代謝通路富集、GSEA 富集分析、差異基因篩選,再到虛擬基因敲除,所有熱門分析都可以通過極簡的一鍵操作完成。

四、不止單細胞:空間轉錄組分析

除了單細胞分析,平臺也支持空間轉錄組(空轉)分析,并且配套了詳細的操作視頻,跟著視頻一步步操作,就能輕松上手。

?著作權歸作者所有,轉載或內容合作請聯(lián)系作者
【社區(qū)內容提示】社區(qū)部分內容疑似由AI輔助生成,瀏覽時請結合常識與多方信息審慎甄別。
平臺聲明:文章內容(如有圖片或視頻亦包括在內)由作者上傳并發(fā)布,文章內容僅代表作者本人觀點,簡書系信息發(fā)布平臺,僅提供信息存儲服務。

相關閱讀更多精彩內容

友情鏈接更多精彩內容