近來在做染色體相關(guān)數(shù)據(jù)分析，參考一些文獻(xiàn)后，準(zhǔn)備安裝breakdancer軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)處理。
breakdancer軟件軟件主頁非常簡(jiǎn)單，http://breakdancer.sourceforge.net/bam2cfg.html?不過從中至少可以找到下載地址。也可以使用github地址，https://github.com/genome/breakdancer。
在安裝之前要確認(rèn)集群是否具有cmake編譯工具，沒有的話要先裝，可聯(lián)系root權(quán)限。
下載：
git clone --recursive https://github.com/genome/breakdancer.git?
cd breakdancer
mkdir build?
cd build?
編譯并指定安裝路徑
cmake .. -DCMAKE_BUILD_TYPE=release -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local
make
make install.
到這里，需要注意的是要加入samtools到系統(tǒng)的環(huán)境變量中，方便調(diào)用。
至此，breakdancer-max可以使用
但是，通過學(xué)習(xí)說明書可以了解，運(yùn)行breakdancer需要運(yùn)行./breakdancer/perl/bam2cfg.pl 來構(gòu)建對(duì)應(yīng)cfg文件。由于我是非root用戶，在安裝過程中perl包不全，直接下載安裝全局則需要root權(quán)限因此，運(yùn)行bam2cfg.pl會(huì)出現(xiàn)報(bào)錯(cuò)，
./bam2cfg.pl
Can't locate Statistics/Descriptive.pm in @INC (@INC contains: /home/*/perl5/lib/perl5/5.16.3/x86_64-linux-thread-multi /home/*/perl5/lib/perl5/5.16.3 /home/*/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi /home/*/perl5/lib/perl5 /home/*/Downloads/orthomclSoftware-v2.0.9/lib/perl /usr/local/lib64/perl5 /usr/local/share/perl5 /usr/lib64/perl5/vendor_perl /usr/share/perl5/vendor_perl /usr/lib64/perl5 /usr/share/perl5 .) at ./bam2cfg.pl line 7.
BEGIN failed--compilation aborted at ./bam2cfg.pl line 7.
此時(shí)，非root用戶下載并安裝必要的perl包就很重要，參考，https://stackoverflow.com/questions/2980297/how-can-i-use-cpan-as-a-non-root-user，可以使非root用戶安裝perl包更便捷，且無需root權(quán)限。
具體命令：（具體命令含義可參考上述網(wǎng)頁查詢）
wget -O- http://cpanmin.us | perl - -l ~/perl5 App::cpanminus local::lib
eval `perl -I ~/perl5/lib/perl5 -Mlocal::lib`
echo 'eval `perl -I ~/perl5/lib/perl5 -Mlocal::lib`' >> ~/.profile
echo 'export MANPATH=$HOME/perl5/man:$MANPATH' >> ~/.profile
此處，~/.profile為一種類型，要看個(gè)人用戶調(diào)整，可能是~/.bahsrc（本人）或者其他。
在進(jìn)行過這一步驟后，運(yùn)行，
cpanm Module::Name 例如，cpanm Statistics::Descriptive
此后，類似的困難按步驟繼續(xù)裝到最后，即可使用，
