在Ubuntu下RDkit 的安裝

1.到官網(wǎng)http://www.rdkit.org/下載 .tgz包。

或者 在github下載 https://github.com/rdkit/rdkit/archive/refs/tags/Release_2021_03_5.tar.gz

2.解壓后放到一個(gè)目錄下：我的在/home/root/rdkit中

tar -xzvf rdkit.tar.gz

3. 安裝依賴

apt-get install mpi-default-dev libicu-dev python-dev libbz2-dev libboost-all-dev build-essential autotools-dev python-dev build-essential cmake flex bison sqlite3 python_numpy
boost-python boost-thread boost-regex tk-devel readline-devel zlib-devel bzip2-devel sqlite-devel

4.安裝boost包， 下載boost

https://www.boost.org/users/history/version_1_77_0.html

image.png

wget https://boostorg.jfrog.io/ui/native/main/release/1.77.0/source/boost_1_77_0.tar.gz

解壓

tar  -xzvf  boost_1_77_0.tar.gz 

安裝

./bootstrap.sh
./b2 install

5安裝rdkit依賴

前提 安裝的有python3.6+ pip

apt-get install cmake 
pip install numpy 
pip install Pillow
apt-get install python-dev 
apt-get install sqlite3

6.將rdkit 復(fù)制解壓到 /usr/local/rdkit

7.設(shè)置環(huán)境變量，在/etc/profile 或~/.bashrc 中 。寫入：

export RDBASE=/usr/local/rdkit
export PYTHONPATH=$RDBASE
export LD_LIBRARY_PATH=$RDBASE/lib

8.編譯并安裝，測(cè)試，在終端輸入：

cd /usr/local/rdkit   (cd $RDBASE)
mkdir build
cd build
cmake ..   (注意“..”)
make -j14
make install
ctest

9.測(cè)試案例：把化學(xué)分子的smiles轉(zhuǎn)換為分子結(jié)構(gòu)。

from rdkit import Chem

from rdkit.Chem import Draw

def depict_pic(smiles='c1ccccc1',mol_name='benzene',size=(300,300),kekulize=True,wedgeBonds=True):  

    mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)

    #mol_name ='/home/liuwei/' +  mol_name + '.jpg'

    mol_name = mol_name + '.jpg'

    Draw.MolToImageFile(mol,mol_name,size,kekulize,wedgeBonds)

if __name__ == '__main__':

    depict_pic(mol_name = 'test')

在python運(yùn)行，如果有分子圖片產(chǎn)生，說明RDkit安裝成功。

image.png