這幾天忙著寫一個前列腺癌蛋白標(biāo)記相關(guān)的小報告，惡補前列腺癌相關(guān)的知識和這個蛋白特性，學(xué)找分析這個蛋白質(zhì)的特性（包括分子量、等電點、氨基酸組成、跨膜域、信號肽、疏水性和結(jié)構(gòu)功能域等方面）。
學(xué)習(xí)了一些常用的蛋白質(zhì)分析網(wǎng)站:
一、 分子量和等電點
蛋白的分子量和等電點分析既可以通過本地軟件（例如DNAMAN，BioEdit等），也可以通過在線工具來實現(xiàn)。這邊給大家介紹常用的在線工具ExPASy的ProtParam tool（https://web.expasy.org/protparam/ ）。
ProtParam這個工具可以計算分子量、理論等電點、氨基酸的組成、消光系數(shù)、原子組成、估計半衰期、穩(wěn)定指數(shù)等等。需要注意的是，如果序列有修飾過的氨基酸殘基，則不計算在內(nèi)。
二、 信號肽
信號肽一般由有20-40個氨基酸組成，并且具有一些特點：N端有1-3正電荷氨基酸；中間是一段中性按就算組成的疏水區(qū)；而C端則有一個信號肽酶識別的位點。常用的在線軟件有SignalP（http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/）。 SignalP預(yù)測氨基酸序列中是否存在信號肽剪切位點，并標(biāo)記出來（如上圖中1-20就是信號肽）。原核生物和真核生物都可以進(jìn)行預(yù)測，預(yù)測的是分泌型信號肽。
三、 跨膜域
含有跨膜域的蛋白質(zhì)可能是定位于膜的蛋白或者離子通道蛋白，也可能是作為膜受體而起作用。常用的在線軟件是TMHMM（http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/）。 TMHMM會將測到跨膜區(qū)以紅色標(biāo)出，并且預(yù)測出具體的位置，比如上圖出現(xiàn)的跨膜區(qū)就是 243-265。
四、 疏水性
ExPASy的ProtScale工具（https://web.expasy.org/protscale/ ）可以預(yù)測給定氨基酸序列的疏水性，可以允許用戶計算蛋白質(zhì)的50余種不同屬性，并為每一種氨基酸輸出相應(yīng)的分值。當(dāng)然疏水性也可以通過本地軟件（例如DNAMAN，BioEdit等）進(jìn)行分析，只是基于算法的不同，可能會有微小的差別。
五、亞細(xì)胞定位和磷酸化分析
利用SubLoc v1.0 進(jìn)行亞細(xì)胞定位分析
TargetP1.1Server預(yù)測氨基酸前導(dǎo)肽的細(xì)胞定位
NetPhos 3.1 Server 預(yù)測磷酸化作用位點
六、二級結(jié)構(gòu)、球蛋區(qū)預(yù)測及保守域分析
利用SOPMA工具預(yù)測蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)，主要有兩種模式：
一種是包括4種結(jié)構(gòu)helix,sheet,turn,coil；
一種是包括3種結(jié)構(gòu)helix,sheet,coil。
α螺旋，β折疊，sheet片層和卷曲等
利用GlobPlot 軟件球蛋區(qū)預(yù)測
七、其他網(wǎng)站
當(dāng)然還有很多非常優(yōu)秀的網(wǎng)站沒有總結(jié)，后邊有機(jī)會了去學(xué)習(xí)一下。
