還是老習(xí)慣，給出官網(wǎng)教程，至于你是看還是不看，它就在那里，等著你的深入研究～
https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/Tutorials/
WGCNA分析圖文詳解專題中要解釋的第五張圖，加權(quán)共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的可視化。
官方注釋：
Figure 1: Visualizing the gene network using a heatmap plot. The heatmap depicts the Topological Overlap Matrix(TOM) among all genes in the analysis. Light color represents low overlap and progressively darker red color represents higher overlap. Blocks of darker colors along the diagonal are the modules. The gene dendrogram and module assignment are also shown along the left side and the top.
關(guān)于這個(gè)WGCNA圖文詳解，我們已經(jīng)講了五期了?？赡苣銓o-expression network是什么還沒有一點(diǎn)具體的概念。那么，此圖正好可以揭開加權(quán)共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的神秘面紗，讓你一睹真容。沒錯(cuò)，這個(gè)圖就是對加權(quán)共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的一個(gè)可視化，只不過是以熱圖的形式進(jìn)行展示。下面我們來一一剖析這張圖。如有理解錯(cuò)誤，還請各位大俠批評指正。
圖剖依然成以下幾個(gè)部分：
- 1，聚類樹
- 2，熱圖
小面我們來一一解讀。
1，聚類樹
還記得以前第三期教程么，沒錯(cuò)，這個(gè)聚類樹就是那個(gè)聚類樹搬到了這里。
回顧：聚類樹使用的TOM矩陣對所有基因進(jìn)行的聚類然后得到的模塊。
詳細(xì)請看第三期教程Cluster Dendrogram圖
2，熱圖
官方說明：
One way to visualize a weighted network is to plot its heatmap, Fig. 1. Each row and column of the heatmap correspond to a single gene. The heatmap can depict adjacencies or topological overlaps, with light colors denoting low adjacency (overlap) and darker colors higher adjacency (overlap). In addition, the gene dendrograms and module colors are plotted along the top and left side of the heatmap.
其實(shí)就是對TOM矩陣的一個(gè)可視化。這張圖來源于官方教程，作者使用了3600個(gè)基因進(jìn)行WGCNA分析。TOM矩陣就是一個(gè)3600*3600的矩陣，里面保存這每兩個(gè)基因之間表達(dá)值的相關(guān)性值。因此，熱圖的每一行和每一列都表示一個(gè)基因,是一個(gè)對稱矩陣。
核心代碼：
# calculated during module detection, but let us do it again here.
dissTOM = 1-TOMsimilarityFromExpr(datExpr, power = 6);
# Transform dissTOM with a power to make moderately strong connections more visible in the heatmap
plotTOM = dissTOM^7;
# Set diagonal to NA for a nicer plot
diag(plotTOM) = NA;
# Call the plot function
sizeGrWindow(9,9)
TOMplot(plotTOM, geneTree, moduleColors, main = "Network heatmap plot, all genes")
與一般的熱圖顏色含義類似，這里顏色越深，表示兩個(gè)基因之間的相關(guān)性越大，顏色越淺表示相關(guān)性越小。
熱圖的對角線可以看出有一些深顏色的模塊，就是相關(guān)性大的基因聚類成的模塊，每一個(gè)色塊都都是一個(gè)模塊，與旁邊的聚類樹底下的模塊對應(yīng)。
可以很明顯的看出，模塊內(nèi)部的基因相關(guān)性很大。除此之外，其實(shí)，還可以看出模塊與模塊之間也是有關(guān)聯(lián)而不是相互獨(dú)立的。
今天就說到這里，歡迎大家留言討論。我們下期再見~
參考資料：
1,https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/Tutorials/
2,A General Framework for Weighted Gene Co-Expression Network Analysis, Stat Appl Genet Mol Biol. 2005;4:Article17. Epub 2005 Aug 12
