1. 安裝Aspera

wget http://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.4/aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz
tar zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz
#安裝
bash aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.sh
# 然后cd到根目錄下看看是不是存在了.aspera文件夾，有的話表示安裝成功
cd && ls -a
# 將aspera軟件加入環(huán)境變量，并激活
echo 'export PATH=~/.aspera/connect/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
# 最后檢查ascp是不是能用了
ascp --help

Aspera的常用參數(shù)：

 -v verbose mode 嘮叨模式，能讓你實(shí)時(shí)知道程序在干啥，方便查錯。有些作者的程序缺乏人性化，運(yùn)行之后，只見光標(biāo)閃，壓根不知道運(yùn)行到哪了

-k 斷點(diǎn)續(xù)傳，一般設(shè)置為值1

-Q 不懂，一般加上它

-P 提供SSH port，一般是33001，反正我不懂

-T
    不進(jìn)行加密。若不添加此參數(shù)，可能會下載不了。
-i string
    輸入私鑰，安裝 aspera 后有在目錄 ~/.aspera/connect/etc/ 下有幾個私鑰，使用 linux 服務(wù)器的時(shí)候一般使用 ~/.aspera/connect/etc中的asperaweb_id_dsa.openssh 文件作為私鑰。
--host=string
    ftp的host名，NCBI的為ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov；EBI的為fasp.sra.ebi.ac.u
--user=string
    用戶名，NCBI的為anonftp，EBI的為era-fasp。
--mode=string
    選擇模式，上傳為 send，下載為 recv。
-l string
    設(shè)置最大傳輸速度，比如設(shè)置為 200M 則表示最大傳輸速度為 200m/s。若不設(shè)置該參數(shù)，則一般可達(dá)到10m/s的速度，而設(shè)置了，傳輸速度可以更高。

ascp使用舉例
SRA數(shù)據(jù)庫下載：首先記住，數(shù)據(jù)的存放地址是ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov，SRA在Aspera的用戶名是anonftp，下載舉例：

• 如果我想下載SRR949627.sra文件，首先我需要找到地址，去ncbi ftp-private或者ncbi faspftp，一層層尋找，直至找到，然后記下鏈接地址，就可以開始下載了：

 ascp -v -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T -l200m anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR949/SRR949627/SRR949627.sra ~/biostar/aspera/

注意：anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov后面是:號，不是路徑/！
一般來說，NCBI的sra文件前面的地址都是一樣的/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/...，那么寫腳本批量下載也就不難了！
附：NCBI 地址構(gòu)成：
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR+登陸號前三位數(shù)字（550）+/SRR+完整登陸號（554360）

ENA數(shù)據(jù)庫下載：這里和上面不同，數(shù)據(jù)的存放地址是fasp.sra.ebi.ac.uk，ENA在Aspera的用戶名是era-fasp，下載舉例：

• 同樣，我還是下載SRR949627，方便的是ENA中可以直接下載fastq.gz文件，不用再從sra文件慢吞吞的轉(zhuǎn)換了，那么地址呢，可以去ENA搜索，再復(fù)制下fastq.gz文件的地址，或者可以去ENA的ftp地址ftp.sra.ebi.ac.uk搜索，注意，是ftp，不是fasp！記下鏈接地址，就可以下載了：

 ascp -QT -l 300m -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR949/SRR949627/SRR949627_1.fastq.gz ~/biostar/aspera/

注意：era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk后面是:號，不是路徑/！
一般來說，EBI的sra文件前面的地址也都是一樣的vol1/fastq/...，那么寫腳本批量下載也就不難了！

我的代碼：

nohup ascp -QT -l 300m -P33001 -i /home2/s195086/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/srr/SRR853/006/SRR8535086 ./
nohup ascp -QT -l 300m -P33001 -i /home2/s195086/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/srr/SRR853/005/SRR8535085 ./
提交任務(wù) ascp 取消加密 傳輸速度 ssh port 私鑰 ena用戶名@文件存放地址：文件名 下載至地址

我們試著寫個腳本來下載
EBI地址下載：

InputFile=open("SRR_Acc_List.txt")
OutputFile=open("SRR_Acc_ascp.sh","w")
for line in InputFile:
    line=line.strip()
    print（line）
    print（line[3：6]）
    print（line[-1]）
    OutputFile.write('ascp -QT -l 300m -P33001 -i /root/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/srr/SRR' +line[3:6]+'/'+'00'+line[-1]+'/'+line +' ./ '+'\n')
InputFile.close()
OutputFile.close()

然后在服務(wù)器運(yùn)行：

nohup bash SRR_Acc_ascp.sh &

就可以愉快地去睡覺啦~~
另外：

##查看任務(wù)
jobs -l
ps -ef
##殺掉任務(wù)
kill -9

參考：
https://blog.csdn.net/herokoking/article/details/78890567
http://www.itdecent.cn/p/9040b7573380

學(xué)會了提交任務(wù)，并且寫了自己第一個腳本，開心~
一個星期都在吃瓜，終于吃瓜吃到了自己頭上，中美航般大戰(zhàn)，我要是滯留了，該如何維持生計(jì)呢？
我要好好學(xué)生信！