生信小白如何進行單基因的鑒定及功能分析

小伙伴在拿到一個新基因的時候,是不是兩眼一黑,很是懵圈,老板一直催著問,這個基因有 什么功能啊,定位在哪里啊,有什么特殊的結(jié)構(gòu)域啊等等,問的還沒入門的小白,一陣轉(zhuǎn)圈圈。今天小白將帶大家進行單基因的鑒定及功能分析。
1、如果是測序得到的一段新的核酸序列(如果知道基因的CDS就省了看這一步)
首先,我們需要預測該段核酸序列的ORF,可以用在線的網(wǎng)站NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/),或者利用Tbtools軟件進行ORF預測。

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2、保守結(jié)構(gòu)域分析,分析該基因的保守結(jié)構(gòu)域。

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi
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結(jié)果如下:

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3、亞細胞定位預測需要蛋白序列,選好對應的物種,進行分析即可,網(wǎng)站的網(wǎng)址如下。

https://wolfpsort.hgc.jp/
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如果預測是核定位基因,可以進一步預測核定位序列,網(wǎng)址如下:

http://nls-mapper.iab.keio.ac.jp/cgi-bin/NLS_Mapper_form.cgi#opennewwindow

4、基因的物理性質(zhì)分析

https://prosite.expasy.org/scanprosite/
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5、蛋白的二級結(jié)果預測

https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_seccons.html
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6、蛋白同源建模分析3D結(jié)構(gòu)

https://swissmodel.expasy.org/
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生信漫談

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