1.SPAdes的使用目的
當(dāng)前版本的SPAdes與Illumina或IonTorrent讀取一起使用，并且能夠使用PacBio，Oxford Nanopore和Sanger讀取提供混合組件。您還可以提供將用作長(zhǎng)讀數(shù)的其他重疊群。
版本3.13.0的SPAdes支持配對(duì)末端讀取，配對(duì)和非配對(duì)讀取。SPAdes可以同時(shí)作為幾個(gè)配對(duì)端和配對(duì)庫(kù)的輸入。請(qǐng)注意，SPAdes最初是為小型基因組設(shè)計(jì)的。它在細(xì)菌（單細(xì)胞MDA和標(biāo)準(zhǔn)分離株），真菌和其他小基因組上進(jìn)行了測(cè)試。SPAdes不適用于較大的基因組（例如哺乳動(dòng)物大小的基因組）。出于此目的，您可以自擔(dān)風(fēng)險(xiǎn)使用它。
2.安裝
SPAdes需要64位Linux系統(tǒng)或Mac OS和Python（支持的版本是Python2：2.4-2.7，以及Python3：3.2和更高版本）預(yù)先安裝在其上。要獲得SPAdes，您可以下載二進(jìn)制文件或下載源代碼并自行編譯。
如果安裝成功，以下文件將放在bin目錄中：
-
spades.py（主要可執(zhí)行腳本） -
metaspades.py（metaSPAdes的主要可執(zhí)行腳本） -
plasmidspades.py（plasmidSPAdes的主要可執(zhí)行腳本） -
rnaspades.py（rnaSPAdes的主要可執(zhí)行腳本） -
truspades.py（truSPAdes的主要可執(zhí)行腳本） -
spades-core（裝配模塊） -
spades-gbuilder（獨(dú)立圖形構(gòu)建器應(yīng)用程序） -
spades-gmapper（獨(dú)立長(zhǎng)讀圖對(duì)齊器） -
spades-kmercount（獨(dú)立的k-mer計(jì)數(shù)應(yīng)用程序） -
spades-hammer（讀取Illumina讀數(shù)的糾錯(cuò)模塊） -
spades-ionhammer（讀取IonTorrent讀取錯(cuò)誤糾正模塊） -
spades-bwa（錯(cuò)配校正所需的BWA對(duì)準(zhǔn)模塊） -
spades-corrector-core（不匹配校正模塊） -
spades-truseq-scfcorrection（truSPAdes管道中使用的可執(zhí)行文件）
2.1下載SPAdes Linux二進(jìn)制文件
要下載SPAdes Linux二進(jìn)制文件并將其解壓縮，請(qǐng)轉(zhuǎn)到您希望安裝和運(yùn)行SPAdes的目錄：
wget http://cab.spbu.ru/files/release3.13.0/SPAdes-3.13.0-Linux.tar.gz
tar -xzf SPAdes-3.13.0-Linux.tar.gz
cd SPAdes-3.13.0-Linux/bin/
SPAdes隨時(shí)可用，無(wú)需進(jìn)一步的安裝步驟。我們還建議將SPAdes安裝目錄添加到PATH變量中。
2.2下載適用于Mac的SPAdes二進(jìn)制文件
要獲取Mac的SPAdes二進(jìn)制文件，請(qǐng)轉(zhuǎn)到您希望安裝和運(yùn)行SPAdes的目錄：
curl http://cab.spbu.ru/files/release3.13.0/SPAdes-3.13.0-Darwin.tar.gz -o SPAdes-3.13.0-Darwin.tar.gz
tar -zxf SPAdes-3.13.0-Darwin.tar.gz
cd SPAdes-3.13.0-Darwin/bin/
與在Linux中一樣，SPAdes已準(zhǔn)備就緒，無(wú)需進(jìn)一步的安裝步驟。我們還建議將SPAdes安裝目錄添加到PATH變量中。
出于測(cè)試目的，SPAdes附帶一個(gè)玩具數(shù)據(jù)集（讀數(shù)與大腸桿菌的前1000bp對(duì)齊）。要在此數(shù)據(jù)集上嘗試SPAdes，請(qǐng)運(yùn)行：
<spades installation dir>/spades.py --test
如果您將SPAdes安裝目錄添加到PATH變量，則可以運(yùn)行：
spades.py --test
為簡(jiǎn)單起見(jiàn)，我們進(jìn)一步假設(shè)將SPAdes安裝目錄添加到PATH變量中。
如果安裝成功，您將在日志末尾找到以下信息：
===== Assembling finished. Used k-mer sizes: 21, 33, 55
* Corrected reads are in spades_test/corrected/
* Assembled contigs are in spades_test/contigs.fasta
* Assembled scaffolds are in spades_test/scaffolds.fasta
* Assembly graph is in spades_test/assembly_graph.fastg
* Assembly graph in GFA format is in spades_test/assembly_graph.gfa
* Paths in the assembly graph corresponding to the contigs are in spades_test/contigs.paths
* Paths in the assembly graph corresponding to the scaffolds are in spades_test/scaffolds.paths
======= SPAdes pipeline finished.
========= TEST PASSED CORRECTLY.
SPAdes log can be found here: spades_test/spades.log
Thank you for using SPAdes!
3.運(yùn)行SPAdes
3.1 SPAdes輸入
SPAdes在FASTA和FASTQ中用作輸入配對(duì)末端讀數(shù)，配對(duì)對(duì)和單（未配對(duì)）讀數(shù)。對(duì)于IonTorrent數(shù)據(jù)，SPAdes還支持未映射BAM格式的非配對(duì)讀?。ㄈ鏣orrent服務(wù)器生成的那種）。但是，為了運(yùn)行讀取錯(cuò)誤糾正，讀取應(yīng)采用FASTQ或BAM格式。由于SPAdes不對(duì)這些類(lèi)型的數(shù)據(jù)進(jìn)行糾錯(cuò)，因此可以以?xún)煞N格式提供Sanger，Oxford Nanopore和PacBio CLR讀取。
要運(yùn)行SPAdes 3.13.0，您至少需要一個(gè)以下類(lèi)型的庫(kù)：
- Illumina配對(duì)末端/高質(zhì)量配對(duì)/非配對(duì)讀數(shù)
- IonTorrent配對(duì)端/高質(zhì)量配對(duì)/非配對(duì)讀取
- PacBio CCS讀取
Illumina和IonTorrent庫(kù)不應(yīng)組裝在一起。所有其他類(lèi)型的輸入數(shù)據(jù)都是兼容的。如果只有PacBio CLR，Oxford Nanopore，Sanger讀數(shù)或其他重疊群可用，則不應(yīng)使用SPAdes。
SPAdes支持僅配對(duì)配對(duì)。但是，我們建議在這種情況下僅使用高質(zhì)量的配對(duì)庫(kù)（例如，沒(méi)有配對(duì)端部件）。我們使用Illumina Nextera配對(duì)測(cè)試了僅配對(duì)配管。在這里查看更多。
當(dāng)前版本的SPA還支持LucigenNxSeq?LongMate Pair庫(kù)，它們始終具有正向反向。如果您希望使用LucigenNxSeq?LongMate Pair讀取，則需要在您的計(jì)算機(jī)上預(yù)安裝Python 正則表達(dá)式庫(kù)。您可以使用Python pip-installer安裝它：
pip install regex
或使用Easy Install Python模塊：
easy_install regex
筆記：
- 強(qiáng)烈建議根據(jù)其插入大?。◤淖钚〉阶铋L(zhǎng)）提供多個(gè)配對(duì)末端和配對(duì)對(duì)庫(kù)。
- 不建議在低覆蓋率（小于5）的PacBio讀取上運(yùn)行SPAdes。
- 我們建議不要對(duì)大型基因組的PacBio讀數(shù)運(yùn)行SPAdes。
- SPAdes接受gzip壓縮文件。
讀對(duì)庫(kù)
通過(guò)使用命令行界面，您可以指定最多九個(gè)不同的配對(duì)庫(kù)，最多九個(gè)配對(duì)庫(kù)以及最多九個(gè)高質(zhì)量的配對(duì)庫(kù)。如果您想使用更多，可以使用YAML數(shù)據(jù)集文件。我們進(jìn)一步將配對(duì)末端和配對(duì)對(duì)庫(kù)稱(chēng)為讀取對(duì)庫(kù)。
默認(rèn)情況下，SPAdes假定配對(duì)端和高質(zhì)量配對(duì)讀取具有正向反向（fr）方向，而通常的配對(duì)具有反向（rf）方向。但是，可以使用SPAdes選項(xiàng)為任何庫(kù)設(shè)置不同的方向。
為了區(qū)分成對(duì)的讀數(shù)，我們將它們稱(chēng)為左讀和右讀。對(duì)于正向反向，正向讀數(shù)對(duì)應(yīng)于左側(cè)讀數(shù)，反向讀取對(duì)應(yīng)于右側(cè)。類(lèi)似地，在反向前向中，左和右讀取分別對(duì)應(yīng)于反向和正向讀取等。
每個(gè)讀取對(duì)庫(kù)可以存儲(chǔ)在多個(gè)文件或幾對(duì)文件中。配對(duì)讀取可以以?xún)煞N不同的方式組織：
- 在文件對(duì)中。在這種情況下，左右讀取放在不同的文件中，并在相應(yīng)的文件中以相同的順序。
- 在交錯(cuò)文件中。在這種情況下，讀取是隔行掃描的，因此每次正確的讀取都在相應(yīng)的成對(duì)左讀取之后進(jìn)行。
例如，Illumina在兩個(gè)文件中生成配對(duì)末端讀?。?code>R1.fastq和R2.fastq。如果選擇存儲(chǔ)文件對(duì)中的讀取，請(qǐng)確保從R1.fastq相應(yīng)的配對(duì)讀取中讀取的每個(gè)讀取R2.fastq都放在相同行號(hào)的相應(yīng)配對(duì)文件中。如果您選擇使用交錯(cuò)文件，則每次讀取R1.fastq都應(yīng)該跟隨相應(yīng)的配對(duì)讀取R2.fastq。
如果在組裝之前使用了適配器和/或質(zhì)量修整軟件，則可以將具有孤立讀取的文件作為相應(yīng)讀取對(duì)庫(kù)的“單個(gè)讀取文件”提供。
如果您已合并了配對(duì)端（非配對(duì)或高質(zhì)量配對(duì)）庫(kù)中的某些讀取（使用工具sa BBMerge或STORM），則應(yīng)將該結(jié)果讀取的文件作為“合并讀取文件”提供“為相應(yīng)的圖書(shū)館。
請(qǐng)注意，必須為同一個(gè)庫(kù)提供具有剩余未合并的左/右讀?。▎为?dú)或隔行掃描）的非空文件（對(duì)于SPAdes，以正確檢測(cè)原始讀取長(zhǎng)度）。
在不太可能的情況下，您的配對(duì)（或高質(zhì)量配對(duì)）庫(kù)中的某些讀取被“合并”，您應(yīng)該將結(jié)果讀取作為SEPARATE單讀取庫(kù)提供。
不成對(duì)（單讀）庫(kù)
通過(guò)使用命令行界面，您可以指定最多九個(gè)不同的單讀取庫(kù)。要輸入更多庫(kù)，可以使用YAML數(shù)據(jù)集文件。
假設(shè)單一的圖書(shū)館具有高質(zhì)量和合理的覆蓋范圍。例如，您可以將PacBio CCS讀取作為單讀取庫(kù)提供。
請(qǐng)注意，您不應(yīng)將PacBio CLR，Sanger讀取或其他contigs指定為單讀取庫(kù)，每個(gè)都有一個(gè)單獨(dú)的選項(xiàng)。
PacBio和Oxford Nanopore讀到
SPAdes可以作為輸入無(wú)限數(shù)量的PacBio和Oxford Nanopore庫(kù)。
PacBio CLR和Oxford Nanopore讀數(shù)用于混合組裝（例如Illumina或IonTorrent）。無(wú)需預(yù)先更正此類(lèi)數(shù)據(jù)。SPAdes將使用PacBio CLR和Oxford Nanopore讀取間隙閉合和重復(fù)分辨率。
對(duì)于PacBio，您只需要以FASTQ / FASTA格式過(guò)濾子網(wǎng)。使用--pacbio選項(xiàng)提供這些過(guò)濾的子讀取。Oxford Nanopore讀數(shù)提供--nanopore選項(xiàng)。
PacBio CCS /讀取插入讀取或預(yù)校正（使用第三方軟件）PacBio CLR / Oxford Nanopore讀取可以簡(jiǎn)單地作為單個(gè)讀取提供給SPAdes。
額外的重疊群
如果您有其他匯編程序生成的相同基因組的重疊群，并且您希望將它們合并到SPAdes程序集中，則可以使用--trusted-contigs或指定其他重疊群--untrusted-contigs。當(dāng)高質(zhì)量的重疊群可用時(shí)，使用第一個(gè)選項(xiàng)。這些重疊群將用于圖形構(gòu)建，間隙閉合和重復(fù)分辨率。第二種選擇用于可能具有更多錯(cuò)誤或質(zhì)量未知的重疊群的不太可靠的重疊群。這些重疊群僅用于間隙閉合和重復(fù)分辨。額外的重疊群數(shù)量是無(wú)限的。
請(qǐng)注意，SPAdes不使用密切相關(guān)物種的基因組進(jìn)行裝配。只應(yīng)指定相同基因組的重疊群。
3.2 SPAdes命令行選項(xiàng)
要從命令行運(yùn)行SPAdes，請(qǐng)鍵入
spades.py [options] -o <output_dir>
請(qǐng)注意，我們假設(shè)將SPAdes安裝目錄添加到PATH變量中（否則提供SPAdes可執(zhí)行文件的完整路徑:) <spades installation dir>/spades.py。
基本選項(xiàng)
-o <output_dir>
指定輸出目錄。必填選項(xiàng)。
--sc
MDA（單個(gè)單元）數(shù)據(jù)需要此標(biāo)志。
--meta （相同metaspades.py）
在匯編宏基因組數(shù)據(jù)集時(shí)，建議使用此標(biāo)志（運(yùn)行metaSPAdes，有關(guān)詳細(xì)信息，請(qǐng)參閱紙張）。目前metaSPAdes僅支持單必須加以短讀庫(kù)配對(duì)末端（我們希望能盡快取消這種限制）。此外，您可以提供長(zhǎng)讀?。ɡ缡褂?code>--pacbio或--nanopore選項(xiàng)），但宏基因組的混合組裝仍然是一個(gè)實(shí)驗(yàn)性管道，并不能保證最佳性能。它不支持仔細(xì)模式（不匹配校正不可用）。此外，您無(wú)法指定metaSPAdes的覆蓋率截止值。請(qǐng)注意，metaSPAdes可能對(duì)數(shù)據(jù)中剩余的技術(shù)序列的存在非常敏感（最明顯的是適配器讀取），請(qǐng)運(yùn)行質(zhì)量控制并相應(yīng)地預(yù)處理數(shù)據(jù)。
--plasmid （相同plasmidspades.py）
當(dāng)僅匯編來(lái)自WGS數(shù)據(jù)集的質(zhì)粒時(shí)需要此標(biāo)記（運(yùn)行plasmidSPAdes，參見(jiàn)論文了解算法詳情）。注意，plasmidSPAdes與metaSPAdes和單細(xì)胞模式不兼容。此外，我們不建議在多個(gè)庫(kù)上運(yùn)行plasmidSPAdes。有關(guān)plasmidSPAdes輸出詳細(xì)信息，請(qǐng)參見(jiàn)第3.6節(jié)。
--rna （相同rnaspades.py）
組裝RNA-Seq數(shù)據(jù)集時(shí)應(yīng)使用此標(biāo)志（運(yùn)行rnaSPAdes）。要了解更多信息，請(qǐng)參閱rnaSPAdes手冊(cè)。
--iontorrent
組裝IonTorrent數(shù)據(jù)時(shí)需要此標(biāo)志。允許BAM文件作為輸入。使用此選項(xiàng)之前，請(qǐng)仔細(xì)閱讀第3.3節(jié)。
--test
在玩具數(shù)據(jù)集上運(yùn)行SPAdes; 見(jiàn)2.4節(jié)。
-h（或--help）
打印幫助。
-v（或--version）
打印SPAdes版本。
管道選項(xiàng)
--only-error-correction
僅執(zhí)行讀取錯(cuò)誤糾正。
--only-assembler
僅運(yùn)行裝配模塊。
--careful
試圖減少不匹配和短期插入的數(shù)量。還運(yùn)行MismatchCorrector - 一個(gè)后處理工具，它使用BWA工具（隨SPAdes一起提供）。建議僅將此選項(xiàng)用于小基因組的裝配。我們強(qiáng)烈建議不要將它用于大中型真核基因組。請(qǐng)注意，metaSPAdes和rnaSPAdes不支持此選項(xiàng)。
--continue
從最后一個(gè)可用檢查點(diǎn)開(kāi)始，從指定的輸出文件夾繼續(xù)運(yùn)行SPAdes。檢查點(diǎn)是在以下情況下完成的：
- 糾錯(cuò)模塊完成
- 完成裝配模塊的每個(gè)指定K值的迭代
- 對(duì)重疊群或支架完成錯(cuò)配校正
例如，如果指定的K值為21,33和55且SPAdes在裝配階段停止或崩潰且K = 55，則可以使用--continue指定相同輸出目錄的選項(xiàng)運(yùn)行SPAdes 。SPAdes將從裝配階段開(kāi)始繼續(xù)運(yùn)行，K = 55.錯(cuò)誤校正模塊和K等于21和33的迭代將不再運(yùn)行。如果--continue設(shè)置，則唯一允許的選項(xiàng)是-o <output_dir>。
--restart-from <check_point>
從指定的檢查點(diǎn)開(kāi)始，從指定的輸出文件夾重新啟動(dòng)SPAdes。檢查點(diǎn)是：
-
ec- 從錯(cuò)誤糾正開(kāi)始 -
as- 從第一次迭代重啟裝配模塊 -
k<int>- 從具有指定k值的迭代重新啟動(dòng)，例如k55（在RNA-Seq模式下不可用） -
mc- 重新啟動(dòng)不匹配校正 -
last- 從最后一個(gè)可用的檢查點(diǎn)重啟（類(lèi)似于--continue）
與該--continue選項(xiàng)相反，您可以在使用時(shí)更改某些選項(xiàng)--restart-from。您可以更改任何選項(xiàng)，除了：所有基本選項(xiàng)，用于指定輸入數(shù)據(jù)（包括--dataset）的所有選項(xiàng)，--only-error-correction選項(xiàng)和--only-assembler選項(xiàng)。例如，如果運(yùn)行的k值為21,33,55且沒(méi)有不匹配校正的匯編程序，則可以添加一次k = 77的迭代，并通過(guò)運(yùn)行帶有以下選項(xiàng)的SPAdes運(yùn)行不匹配校正步驟：
--restart-from k55 -k 21,33,55,77 --mismatch-correction -o <previous_output_dir>。
由于所有文件都將被覆蓋，因此如果需要，請(qǐng)不要忘記從上一次運(yùn)行中復(fù)制程序集。
--disable-gzip-output
強(qiáng)制讀錯(cuò)誤糾正模塊不壓縮糾正的讀數(shù)。如果未設(shè)置此選項(xiàng)，則更正的讀取將采用*.fastq.gz格式。
輸入數(shù)據(jù)
*** 指定單個(gè)庫(kù)（配對(duì)端或單讀）***
--12 <file_name>
具有隔行正向和反向雙端讀取的文件。
-1 <file_name>
帶正向讀取的文件。
-2 <file_name>
帶反向讀取的文件。
--merged <file_name>
包含合并配對(duì)讀取的文件。
如果庫(kù)的屬性允許，則可以使用特殊軟件合并重疊的雙端讀取。
必須為同一個(gè)庫(kù)提供具有（剩余）未合并左/右讀取（單獨(dú)或隔行掃描）的非空文件，以便正確檢測(cè)原始讀取長(zhǎng)度。
-s <file_name>
帶有不成對(duì)讀取的文件。
*** 指定多個(gè)庫(kù)***
- ** 單讀庫(kù)**
--s**<#>** <file_name>
單讀庫(kù)編號(hào)的文件**<#>**（**<#>**= 1,2，..，9）。例如，對(duì)于第一個(gè)配對(duì)端庫(kù)，選項(xiàng)為： --s1 <file_name>
不要-s對(duì)單讀取庫(kù)使用選項(xiàng)，因?yàn)樗鼮榈谝粋€(gè)配對(duì)端庫(kù)指定了未配對(duì)的讀取。
- ** 配對(duì)端庫(kù)**
--pe**<#>**-12 <file_name>
帶有隔行讀取的文件，用于配對(duì)端庫(kù)號(hào)**<#>**（**<#>**= 1,2，..，9）。例如，對(duì)于第一個(gè)單讀庫(kù)，選項(xiàng)是： --pe1-12 <file_name>
--pe**<#>**-1 <file_name>
左側(cè)的文件讀取配對(duì)末級(jí)庫(kù)號(hào)**<#>**（**<#>**= 1,2，..，9）。
--pe**<#>**-2 <file_name>
具有正確讀取的配對(duì)末端庫(kù)號(hào)**<#>**（**<#>**= 1,2，..，9）的文件。
--pe**<#>**-m <file_name>
具有合并結(jié)束庫(kù)編號(hào)**<#>**（**<#>**= 1,2，..，9）的合并讀取的文件
如果庫(kù)的屬性允許，則可以使用特殊軟件合并成對(duì)讀取。必須為同一個(gè)庫(kù)提供具有（剩余）未合并左/右讀?。▎为?dú)或隔行掃描）的非空文件，以便正確檢測(cè)原始讀取長(zhǎng)度。
--pe**<#>**-s <file_name>
來(lái)自配對(duì)端庫(kù)編號(hào)**<#>**（**<#>**= 1,2，..，9）的
未配對(duì)讀取的文件例如，在錯(cuò)誤更正過(guò)程中，配對(duì)讀取可能會(huì)變?yōu)椴慌鋵?duì)。
--pe**<#>**-**<or>**
配對(duì)末端庫(kù)號(hào)的讀取對(duì)的相對(duì)方向**<#>**（**<#>**= 1,2，...，9; **<or>**=“fr”，“rf”，“ff”）。
配對(duì)端庫(kù)的默認(rèn)方向是forward-reverse（--> <--）。例如，要為第二個(gè)配對(duì)末端庫(kù)指定反向前向，您應(yīng)該使用標(biāo)志： --pe2-rf
不應(yīng)與RNA-Seq數(shù)據(jù)的FR和RF鏈特異性混淆（參見(jiàn)rnaSPAdes手冊(cè)）。
- ** 配對(duì)庫(kù)**
--mp**<#>**-12 <file_name>
具有隔行讀取的文件，用于配對(duì)庫(kù)編號(hào)**<#>**（**<#>**= 1,2，..，9）。
--mp**<#>**-1 <file_name>
左邊的文件讀取配對(duì)庫(kù)編號(hào)**<#>**（**<#>**= 1,2，..，9）。
--mp**<#>**-2 <file_name>
具有正確讀取的配對(duì)庫(kù)編號(hào)**<#>**（**<#>**= 1,2，..，9）。
--mp**<#>**-**<or>**
配對(duì)庫(kù)編號(hào)**<#>**（**<#>**= 1,2，..，9; **<or>**=“fr”，“rf”，“ff”）的讀取方向。
配對(duì)庫(kù)的默認(rèn)方向是reverse-forward（<-- -->）。例如，要為第一個(gè)配對(duì)庫(kù)指定前向 - 前向，您應(yīng)該使用該標(biāo)志： --mp1-ff
- ** 高質(zhì)量的配對(duì)庫(kù)**（可用于配對(duì)僅裝配）
--hqmp**<#>**-12 <file_name>
具有隔行讀取的文件，用于高質(zhì)量的配對(duì)庫(kù)編號(hào)**<#>**（**<#>**= 1,2，..，9）。
--hqmp**<#>**-1 <file_name>
左側(cè)的文件讀取高質(zhì)量的配對(duì)庫(kù)編號(hào)**<#>**（**<#>**= 1,2，..，9）。
--hqmp**<#>**-2 <file_name>
具有正確讀取的文件用于高質(zhì)量的配對(duì)庫(kù)編號(hào)**<#>**（**<#>**= 1,2，..，9）。
--hqmp**<#>**-s <file_name>
具有未配對(duì)讀取的文件，來(lái)自高質(zhì)量的配對(duì)庫(kù)編號(hào)**<#>**（**<#>**= 1,2，..，9）
--hqmp**<#>**-**<or>**
高質(zhì)量配偶庫(kù)編號(hào)**<#>**（**<#>**= 1,2，...，9; **<or>**=“fr”，“rf”，“ff”）的讀取方向。
高質(zhì)量配對(duì)庫(kù)的默認(rèn)方向是forward-reverse（--> <--）。例如，要為第一個(gè)高質(zhì)量配對(duì)庫(kù)指定反向前向，您應(yīng)該使用以下標(biāo)志： --hqmp1-rf
- ** LucigenNxSeq?長(zhǎng)配對(duì)庫(kù)**（詳見(jiàn)3.1節(jié)）
--nxmate**<#>**-1 <file_name>
左邊的文件讀取LucigenNxSeq?LongMate Pair庫(kù)編號(hào)**<#>**（**<#>**= 1,2，..，9）。
--nxmate**<#>**-2 <file_name>
文件右側(cè)讀取LucigenNxSeq?LongMate Pair庫(kù)編號(hào)**<#>**（**<#>**= 1,2，..，9）。
*** 指定混合裝配的數(shù)據(jù)***
--pacbio <file_name>
使用PacBio CLR讀取文件。對(duì)于PacBio CCS讀取使用-s選項(xiàng)。有關(guān)PacBio讀取的更多信息，請(qǐng)參見(jiàn)第3.1節(jié)。
--nanopore <file_name>
使用Oxford Nanopore的文件讀取。
--sanger <file_name>
Sanger的文件讀取
--trusted-contigs <file_name>
相同基因組的可靠重疊群，可能沒(méi)有錯(cuò)誤組裝和其他錯(cuò)誤率很低（例如錯(cuò)配和插入錯(cuò)誤）。此選項(xiàng)不適用于相關(guān)物種的重疊群。
--untrusted-contigs <file_name>
相同基因組的重疊群，其質(zhì)量是平均的或未知的?？梢允褂觅|(zhì)量差的重疊群但可能在裝配中引入錯(cuò)誤。該選項(xiàng)也不適用于相關(guān)物種的重疊群。
*** 使用YAML數(shù)據(jù)集文件指定輸入數(shù)據(jù)（高級(jí)）***
為SPAdes指定輸入數(shù)據(jù)集的另一種方法是創(chuàng)建YAML數(shù)據(jù)集文件。通過(guò)使用YAML文件，您可以提供無(wú)限數(shù)量的配對(duì)端，配對(duì)和非配對(duì)庫(kù)。基本上，YAML數(shù)據(jù)集文件是一個(gè)文本文件，其中輸入庫(kù)以方括號(hào)中的逗號(hào)分隔列表形式提供。每個(gè)庫(kù)都以大括號(hào)的形式提供，以逗號(hào)分隔的屬性列表?？梢允褂靡韵聦傩裕?/p>
- 方向（“fr”，“rf”，“ff”）
- type（“paired-end”，“mate-pairs”，“hq-mate-pairs”，“single”，“pacbio”，“nanopore”，“sanger”，“trusted-contigs”，“untrusted-contigs”）
- 隔行讀?。ㄒ愿粜袙呙枳x取的逗號(hào)分隔文件列表）
- left read（以逗號(hào)分隔的左側(cè)讀取文件列表）
- right read（以逗號(hào)分隔的正確讀取文件列表）
- 單個(gè)讀?。ㄒ远禾?hào)分隔的文件列表，包含單個(gè)讀取或配對(duì)庫(kù)中的未配對(duì)讀?。?/li>
- 合并讀取（以逗號(hào)分隔的文件列表，包含合并讀取）
要正確指定庫(kù)，您應(yīng)該提供其類(lèi)型和至少一個(gè)帶有讀取的文件。對(duì)于ONT，PacBio，Sanger和重疊群庫(kù)，您只能提供單次讀取。Orientation是一個(gè)可選屬性。對(duì)于配對(duì)端庫(kù)，其默認(rèn)值為“fr”（正向反向），對(duì)于配對(duì)庫(kù)，其默認(rèn)值為“rf”（反向前向）。
每個(gè)屬性的值在冒號(hào)后給出。逗號(hào)分隔的文件列表應(yīng)在方括號(hào)中給出。對(duì)于每個(gè)文件，您應(yīng)該使用雙引號(hào)提供其完整路徑。確保具有正確讀取的文件的順序與左讀取的相應(yīng)文件的順序相同。
例如，如果您將一個(gè)配對(duì)端庫(kù)拆分為兩對(duì)文件：
lib_pe1_left_1.fastq
lib_pe1_right_1.fastq
lib_pe1_left_2.fastq
lib_pe1_right_2.fastq
一個(gè)配偶庫(kù)：
lib_mp1_left.fastq
lib_mp1_right.fastq
和PacBio CCS和CLR讀?。?/p>
pacbio_ccs.fastq
pacbio_clr.fastq
YAML文件應(yīng)如下所示：
[
{
orientation: "fr",
type: "paired-end",
right reads: [
"/FULL_PATH_TO_DATASET/lib_pe1_right_1.fastq",
"/FULL_PATH_TO_DATASET/lib_pe1_right_2.fastq"
],
left reads: [
"/FULL_PATH_TO_DATASET/lib_pe1_left_1.fastq",
"/FULL_PATH_TO_DATASET/lib_pe1_left_2.fastq"
]
},
{
orientation: "rf",
type: "mate-pairs",
right reads: [
"/FULL_PATH_TO_DATASET/lib_mp1_right.fastq"
],
left reads: [
"/FULL_PATH_TO_DATASET/lib_mp1_left.fastq"
]
},
{
type: "single",
single reads: [
"/FULL_PATH_TO_DATASET/pacbio_ccs.fastq"
]
},
{
type: "pacbio",
single reads: [
"/FULL_PATH_TO_DATASET/pacbio_clr.fastq"
]
}
]
創(chuàng)建YAML文件后，使用.yaml擴(kuò)展名保存（例如as my_data_set.yaml）并使用以下--dataset選項(xiàng)運(yùn)行SPAdes ：
--dataset <your YAML file>
注意：
- 該
--dataset選項(xiàng)不能與指定輸入數(shù)據(jù)的任何其他選項(xiàng)一起使用。 - 我們建議在單個(gè)庫(kù)塊中嵌套具有相同數(shù)據(jù)類(lèi)型的長(zhǎng)讀取的所有文件。
高級(jí)選項(xiàng)
-t <int>（或--threads <int>）
線程數(shù)。默認(rèn)值為16。
-m <int>（或--memory <int>）
以Gb為單位設(shè)置內(nèi)存限制。SPAdes如果達(dá)到此限制則終止。默認(rèn)值為250 Gb。實(shí)際消耗的RAM量將低于此限制。確保給定機(jī)器的該值正確。SPAdes使用限制值自動(dòng)確定各種緩沖區(qū)的大小等。
--tmp-dir <dir_name>
從讀取錯(cuò)誤糾正中設(shè)置臨時(shí)文件的目錄。默認(rèn)值為<output_dir>/corrected/tmp
-k <int,int,...>
要使用的以逗號(hào)分隔的k-mer大小列表（所有值必須為奇數(shù)，小于128并按升序列出）。如果--sc設(shè)置，則默認(rèn)值為21,33,55。對(duì)于多細(xì)胞數(shù)據(jù)集，使用最大讀取長(zhǎng)度自動(dòng)選擇K值（有關(guān)詳細(xì)信息，請(qǐng)參閱組裝長(zhǎng)Illumina配對(duì)讀數(shù)的注釋）。要正確選擇IonTorrent數(shù)據(jù)的K值，請(qǐng)閱讀3.3節(jié)。
--cov-cutoff <float>
讀取覆蓋率截止值。必須是正浮點(diǎn)值，或“自動(dòng)”或“關(guān)閉”。默認(rèn)值為“關(guān)閉”。設(shè)置為“auto”時(shí)，SPAdes會(huì)使用保守策略自動(dòng)計(jì)算覆蓋率閾值。請(qǐng)注意，metaSPAdes不支持此選項(xiàng)。
--phred-offset <33 or 64>
輸入讀數(shù)的PHRED質(zhì)量偏移可以是33或64.如果未指定，將自動(dòng)檢測(cè)。
例子
要測(cè)試玩具數(shù)據(jù)集，您還可以從SPAdes bin目錄運(yùn)行以下命令：
spades.py --pe1-1 ../share/spades/test_dataset/ecoli_1K_1.fq.gz \
--pe1-2 ../share/spades/test_dataset/ecoli_1K_2.fq.gz -o spades_test
如果您將庫(kù)分成幾對(duì)文件，例如：
lib1_forward_1.fastq
lib1_reverse_1.fastq
lib1_forward_2.fastq
lib1_reverse_2.fastq
確保以相同的順序給出相應(yīng)的文件：
spades.py --pe1-1 lib1_forward_1.fastq --pe1-2 lib1_reverse_1.fastq \
--pe1-1 lib1_forward_2.fastq --pe1-2 lib1_reverse_2.fastq \
-o spades_output
具有隔行掃描配對(duì)結(jié)束讀取的文件或具有未配對(duì)讀取的文件可以按任何順序指定，每個(gè)選項(xiàng)只有一個(gè)文件，例如：
spades.py --pe1-12 lib1_1.fastq --pe1-12 lib1_2.fastq \
--pe1-s lib1_unpaired_1.fastq --pe1-s lib1_unpaired_2.fastq \
-o spades_output
如果您有多個(gè)配對(duì)和配對(duì)讀取，例如：
-
配對(duì)庫(kù)1
lib_pe1_left.fastq lib_pe1_right.fastq- 配對(duì)庫(kù)1
lib_mp1_left.fastq lib_mp1_right.fastq ``` * 配對(duì)圖書(shū)館2lib_mp2_left.fastq lib_mp2_right.fastq確保將每個(gè)庫(kù)對(duì)應(yīng)的文件組合在一起：spades.py --pe1-1 lib_pe1_left.fastq --pe1-2 lib_pe1_right.fastq \ --mp1-1 lib_mp1_left.fastq --mp1-2 lib_mp1_right.fastq \ --mp2-1 lib_mp2_left.fastq --mp2-2 lib_mp2_right.fastq \ -o spades_output如果您有IonTorrent未配對(duì)讀數(shù)，PacBio CLR和其他可靠的重疊群：it_reads.fastq pacbio_clr.fastq contigs.fasta使用以下命令運(yùn)行SPAdes：spades.py --iontorrent -s it_reads.fastq \ --pacbio pacbio_clr.fastq --trusted-contigs contigs.fastq \ -o spades_output如果將單讀取庫(kù)拆分為多個(gè)文件：unpaired1_1.fastq unpaired1_2.fastq unpaired1_3.fasta將它們指定為一個(gè)庫(kù)：spades.py --s1 unpaired1_1.fastq \ --s1 unpaired1_2.fastq --s1 unpaired1_3.fastq \ -o spades_output如果需要，可以混合用于指定輸入數(shù)據(jù)的所有選項(xiàng)，但請(qǐng)確保將每個(gè)庫(kù)的文件分組，并且具有左右配對(duì)讀取的文件按相同順序列出。 ### 3.3組裝IonTorrent讀數(shù) 僅支持FASTQ或BAM文件作為輸入。 對(duì)于IonTorrent來(lái)說(shuō)，選擇k-mer長(zhǎng)度并非易事。如果數(shù)據(jù)集或多或少是常規(guī)的（良好的覆蓋率，不是高GC等），那么使用我們的[推薦進(jìn)行長(zhǎng)讀取](http://cab.spbu.ru/files/release3.13.0/manual.html#sec3.4)（例如使用k-mer長(zhǎng)度組裝21,33,55,77,99,127）。然而，由于錯(cuò)誤率增加，可能需要k-mer長(zhǎng)度的一些變化（例如，選擇較短的k-mer長(zhǎng)度）。例如，如果您使用k-mer長(zhǎng)度21,33,55,77運(yùn)行SPAdes，然后決定使用更多迭代和更大的K值組合相同的數(shù)據(jù)集，則可以再次運(yùn)行SPAdes指定相同的輸出文件夾和以下選項(xiàng)：`--restart-from k77 -k 21,33,55,77,99,127 --mismatch-correction -o <previous_output_dir>`。不要忘記復(fù)制前一次運(yùn)行中的重疊群和支架。我們計(jì)劃在下一版本中解決為IonTorrent讀取選擇k-mer長(zhǎng)度的問(wèn)題。 您可能根本不需要對(duì)Hi-Q酶進(jìn)行錯(cuò)誤糾正。但是，我們建議您嘗試使用和不使用錯(cuò)誤更正來(lái)組合數(shù)據(jù)，并選擇最佳變體。 對(duì)于非平凡數(shù)據(jù)集（例如，具有高GC，低或不均勻覆蓋），我們建議啟用單細(xì)胞模式（設(shè)置`--sc`選項(xiàng)）并使用k-mer長(zhǎng)度21,33,55。 ### 3.4組裝長(zhǎng)Illumina配對(duì)讀數(shù)（2x150和2x250） DNA測(cè)序技術(shù)的最新進(jìn)展導(dǎo)致閱讀長(zhǎng)度的快速增加。如今，通常情況下具有由Illumina MiSeq或HiSeq2500產(chǎn)生的2x150或2x250雙末端讀數(shù)組成的數(shù)據(jù)集。但是，單獨(dú)使用較長(zhǎng)的讀數(shù)不會(huì)自動(dòng)提高裝配質(zhì)量。需要一個(gè)能夠正確利用它們的匯編程序。 SPAdes使用迭代k-mer長(zhǎng)度可以從長(zhǎng)配對(duì)末端讀數(shù)的全部潛力中獲益。目前，必須手動(dòng)設(shè)置匯編程序選項(xiàng)，但我們計(jì)劃盡快合并必要選項(xiàng)的自動(dòng)計(jì)算。 請(qǐng)注意，除讀取長(zhǎng)度外，插入長(zhǎng)度也很重要。不建議用一對(duì)250bp的讀數(shù)對(duì)300bp片段進(jìn)行測(cè)序。我們建議使用350-500 bp片段，2x150讀數(shù)和550-700 bp片段，2x250讀數(shù)。 #### 讀取長(zhǎng)度為2x150的多單元數(shù)據(jù)集 不要關(guān)閉SPAdes錯(cuò)誤更正（BayesHammer模塊），它包含在SPAdes默認(rèn)管道中。 如果你有足夠的覆蓋率（50x +），那么你可能想嘗試設(shè)置21,33,55,77的k-mer長(zhǎng)度（默認(rèn)選擇長(zhǎng)度為150bp的讀?。?。 確保運(yùn)行匯編程序，并`--careful`選擇最小化最終重疊群中不匹配的數(shù)量。 我們建議您在每次迭代結(jié)束時(shí)檢查SPAdes日志文件，以控制重疊群的平均覆蓋率。 對(duì)于在運(yùn)行匯編程序之前更正的讀?。?spades.py -k 21,33,55,77 --careful --only-assembler <your reads> -o spades_output要更正和組裝讀數(shù)：spades.py -k 21,33,55,77 --careful <your reads> -o spades_output#### 讀取長(zhǎng)度為2 x 250的多單元數(shù)據(jù)集 不要關(guān)閉SPAdes錯(cuò)誤更正（BayesHammer模塊），它包含在SPAdes默認(rèn)管道中。 默認(rèn)情況下，我們建議以22的增量增加k-mer長(zhǎng)度，直到k-mer長(zhǎng)度達(dá)到127\. k-mer的確切長(zhǎng)度取決于覆蓋范圍：k-mer長(zhǎng)度127對(duì)應(yīng)于50x k-mer覆蓋率和更高。對(duì)于讀取長(zhǎng)度250bp，SPAdes自動(dòng)選擇等于21,33,55,77,99,127的K值。 確保使用`--careful`選項(xiàng)運(yùn)行匯編程序，以最大限度地減少最終重疊群中的不匹配數(shù)。 我們建議您在每次迭代結(jié)束時(shí)檢查SPAdes日志文件，以控制重疊群的平均覆蓋率。 對(duì)于在運(yùn)行匯編程序之前更正的讀?。?spades.py -k 21,33,55,77,99,127 --careful --only-assembler <your reads> -o spades_output要更正和組裝讀數(shù)：spades.py -k 21,33,55,77,99,127 --careful <your reads> -o spades_output#### 讀取長(zhǎng)度為2 x 150或2 x 250的單節(jié)數(shù)據(jù)集 建議使用默認(rèn)的k-mer長(zhǎng)度。對(duì)于單細(xì)胞數(shù)據(jù)集，SPAdes選擇k-mer大小21,33和55。 但是，充分利用長(zhǎng)讀取的優(yōu)勢(shì)可能會(huì)很棘手?？紤]聯(lián)系我們獲取更多信息并討論裝配策略。 ### 3.5 SPAdes輸出 SPAdes存儲(chǔ)所有輸出文件`<output_dir> `，由用戶(hù)設(shè)置。 * `<output_dir>/corrected/`目錄包含由BayesHammer在`*.fastq.gz`文件中更正的讀數(shù); 如果禁用壓縮，則讀取將存儲(chǔ)在未壓縮的 `*.fastq`文件中* `<output_dir>/scaffolds.fasta` 包含產(chǎn)生的支架（建議用作結(jié)果序列）* `<output_dir>/contigs.fasta` 包含產(chǎn)生的重疊群 * `<output_dir>/assembly_graph.gfa`包含[GFA 1.0格式的](https://github.com/GFA-spec/GFA-spec/blob/master/GFA1.md)SPAdes裝配圖和支架路徑[](https://github.com/GFA-spec/GFA-spec/blob/master/GFA1.md) * `<output_dir>/assembly_graph.fastg`包含[FASTG格式的](http://fastg.sourceforge.net/FASTG_Spec_v1.00.pdf) SPAdes匯編圖[](http://fastg.sourceforge.net/FASTG_Spec_v1.00.pdf) * `<output_dir>/contigs.paths` 包含與contigs.fasta對(duì)應(yīng)的程序集圖中的路徑（請(qǐng)參閱下面的詳細(xì)信息） * `<output_dir>/scaffolds.paths` 包含與scaffolds.fasta對(duì)應(yīng)的程序集圖中的路徑（請(qǐng)參閱下面的詳細(xì)信息） SPAdes輸出FASTA文件中的重疊群/支架名稱(chēng)具有以下格式： `>NODE_3_length_237403_cov_243.207` 這`3`是重疊群/支架的數(shù)量，`237403`是核苷酸中的序列長(zhǎng)度，并且`243.207`是使用的最后（最大）k值的k聚體覆蓋。請(qǐng)注意，k-mer覆蓋率始終低于讀取（每個(gè)堿基）覆蓋率。 通常，SPAdes使用兩種技術(shù)將重疊群連接到支架上。第一個(gè)依賴(lài)于讀取對(duì)并嘗試估計(jì)分離重疊群的間隙的大小。第二個(gè)依賴(lài)于裝配圖：例如，如果兩個(gè)重疊群由復(fù)雜的串聯(lián)重復(fù)分開(kāi)，無(wú)法精確解析，則將重疊群連接到具有100bp的固定間隙大小的支架中。SPAdes生產(chǎn)的重疊群不含N個(gè)符號(hào)。 要查看FASTG和GFA文件，我們建議使用[Bandage可視化工具](http://rrwick.github.io/Bandage/)。注意，存儲(chǔ)的序列`assembly_graph.fastg`在重復(fù)分辨之前對(duì)應(yīng)于重疊群（組裝圖的邊緣）。與重復(fù)分辨后的重疊群相對(duì)應(yīng)的路徑（腳手架）以Bandage接受的格式存儲(chǔ)在`contigs.paths`（`scaffolds.paths`）中（有關(guān)詳細(xì)信息，請(qǐng)參閱[Bandage wiki](https://github.com/rrwick/Bandage/wiki/Graph-paths)）。下面給出了這個(gè)例子。 讓具有名稱(chēng)的重疊群`NODE_5_length_100000_cov_215.651`由裝配圖的以下邊組成： <pre style="user-select: text !important;"> `>EDGE_**2**_length_33280_cov_199.702 >EDGE_**5**_length_84_cov_321.414**'** >EDGE_**3**_length_111_cov_175.304 >EDGE_**5**_length_84_cov_321.414**'** >EDGE_**4**_length_66661_cov_223.548` </pre> 然后，`contigs.paths`將包含以下記錄： <pre style="user-select: text !important;"> `NODE_5_length_100000_cov_215.651 2+,5-,3+,5-,4+` </pre> 由于Bandage的當(dāng)前版本不接受具有間隙的路徑，因此在組裝圖中跳過(guò)間隙的相應(yīng)的contigs / scaffolds的路徑在間隙位置處由分號(hào)分開(kāi)。例如，以下記錄 <pre style="user-select: text !important;"> `NODE_3_length_237403_cov_243.207 21-,17-,15+,17-,16+; 31+,23-,22+,23-,4-` </pre> 狀態(tài)`NODE_3_length_237403_cov_243.207`對(duì)應(yīng)于具有10條邊的路徑，但跳過(guò)邊`EDGE_16_length_21503_cov_482.709`和間隙之間的間隙`EDGE_31_length_140767_cov_220.239`。 完整的`<output_dir>`內(nèi)容列表如下： <pre style="user-select: text !important;"> `scaffolds.fasta`- *得到的支架（推薦用作得到的序列）* `contigs.fasta` - *得到的毗連群* `assembly_graph.fastg` - *裝配圖表* `contigs.paths` - *重疊群在裝配圖上的路徑* `scaffolds.paths` - *支架路徑在裝配圖表* `before_rr.fasta` - *重疊群重復(fù)分辨率之前* `corrected/`- *文件從讀糾錯(cuò)* `configs/` - *配置文件讀取糾錯(cuò)* `corrected.yaml` - *內(nèi)部配置文件* 輸出具有更正讀數(shù)的文件 `params.txt`- *有關(guān)此次運(yùn)行中SPAdes參數(shù)的信息* `spades.log` - *SPAdes日志* `dataset.info` - *內(nèi)部配置文件* `input_dataset.yaml` - *內(nèi)部YAML數(shù)據(jù)集文件* `K<##>/` - *包含運(yùn)行中K = <##>的中間文件的目錄。這些文件不應(yīng)用作匯編結(jié)果; 在上述文件中使用產(chǎn)生的重疊群/支架。* </pre> 如果這些文件和目錄存在于指定的文件和目錄中，它們將覆蓋它們`<output_dir>`。 ### 3.6 plasmidSPAdes輸出 plasmidSPAdes僅輸出來(lái)自推定質(zhì)粒的DNA序列。輸出文件名和格式與SPAdes中的相同（參見(jiàn)[上一](http://cab.spbu.ru/files/release3.13.0/manual.html#sec3.5)節(jié)），但有以下區(qū)別。對(duì)于所有的重疊群的名字`contigs.fasta`，`scaffolds.fasta` 和 `assembly_graph.fastg` 我們追加后綴`_component_X`，這里`X`是假定的質(zhì)粒，該重疊群所屬的ID。注意，質(zhì)粒SPAdes可能無(wú)法分離相似的質(zhì)粒，因此它們的重疊群可能具有相同的id。 ### 3.7裝配評(píng)估 [QUAST](http://cab.spbu.ru/software/quast/)可用于生成單個(gè)組裝的匯總統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)（N50，最大重疊群長(zhǎng)度，GC％，參考列表中的＃個(gè)基因或內(nèi)置基因發(fā)現(xiàn)工具等）。它還可以用于比較同一數(shù)據(jù)集的多個(gè)程序集的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)（例如，使用不同參數(shù)運(yùn)行的SPAdes，或幾個(gè)不同的匯編程序）。 ## 4.在SPAdes包中發(fā)布的獨(dú)立二進(jìn)制文件 ### 4.1 k-mer計(jì)數(shù) 要向SPAdes k-mer計(jì)數(shù)工具提供輸入數(shù)據(jù)，`spades-kmercounter`您可以只指定[SPAdes支持的格式的](http://cab.spbu.ru/files/release3.13.0/manual.html#sec3.1)文件，不帶任何標(biāo)記（在所有選項(xiàng)之后）或提供[YAML格式的](http://cab.spbu.ru/files/release3.13.0/manual.html#yaml)數(shù)據(jù)集描述文件。 概要： `spades-kmercount [OPTION...] <input files>` 選項(xiàng)是： `-d, --dataset file <file name>` 數(shù)據(jù)集描述（采用YAML格式），忽略輸入文件 `-k, --kmer <int>` k-mer長(zhǎng)度（默認(rèn)值：21） `-t, --threads <int>` 要使用的線程數(shù)（默認(rèn)值：120） `-w, --workdir <dir name>` 要使用的工作目錄（默認(rèn)：當(dāng)前目錄） `-b, --bufsize <int>` 按線程排序緩沖區(qū)大?。ㄒ宰止?jié)為單位）（默認(rèn)值536870912） `-h, --help` 打印幫助信息 ### 4.2圖形構(gòu)造 圖形構(gòu)造工具`spades-gbuilder`有兩個(gè)必需選項(xiàng)：[YAML格式的](http://cab.spbu.ru/files/release3.13.0/manual.html#yaml)數(shù)據(jù)集描述文件和輸出文件名。 概要： `spades-gbuilder <dataset description (in YAML)> <output filename> [-k <value>] [-t <value>] [-tmpdir <dir>] [-b <value>] [-unitigs|-fastg|-gfa|-spades]` 其他選項(xiàng)包括： `-k <int>` 用于施工的k-mer長(zhǎng)度（必須是奇數(shù)） `-t <int>` 線程數(shù) `-tmpdir <dir_name> ` 要使用的臨時(shí)目錄 `-b <int>` 排序緩沖區(qū)大?。總€(gè)線程，以字節(jié)為單位） `-unitigs` 用于施工的k-mer長(zhǎng)度（必須是奇數(shù)） `-fastg` FASTG格式的輸出圖 `-gfa` GFA1格式的輸出圖 `-spades` SPAdes內(nèi)部格式的輸出圖 ### 4.3長(zhǎng)讀取圖形對(duì)準(zhǔn)器 用于將長(zhǎng)讀取與圖形對(duì)齊的工具`spades-gmapper`有三個(gè)必需選項(xiàng)：[YAML格式的](http://cab.spbu.ru/files/release3.13.0/manual.html#yaml)數(shù)據(jù)集描述文件，GFA格式的圖形文件和輸出文件名。 概要： `spades-gmapper <dataset description (in YAML)> <graph (in GFA)> <output filename> [-k <value>] [-t <value>] [-tmpdir <dir>]` 其他選項(xiàng)包括： `-k <int>` 用于圖形構(gòu)造的k-mer長(zhǎng)度 `-t <int>` 線程數(shù) `-tmpdir <dir_name> ` 要使用的臨時(shí)目錄
