參考：
「r<-包|ggplot2|grid」ggplotify——連接各類R圖形
R神包export的使用
緣由;
最近使用ChIPseeker 對(duì)peak進(jìn)行了注釋，畫一個(gè)注釋結(jié)果分布圖，結(jié)果發(fā)現(xiàn)畫pie 圖，右邊legend 被覆蓋了；但是畫bar 圖一切正常。以為直接將畫布拉寬就行，但沒(méi)有變化。。。
image.png
- code
library(ChIPseeker)
library(org.Hs.eg.db)
library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene)
library(clusterProfiler)
library(VennDiagram)
library(stringi)
txdb <- TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene
# devtools::install_github("tomwenseleers/export")
library(export)
library(ggplotify)
setwd("E:\\單細(xì)胞\\HZAU_scChIP\\測(cè)試CUT&Tag\\Fig5_peak注釋結(jié)果")
##
peak <- readPeakFile("ENCFF465EGH.bed")
# covplot(peak, chr = c("chr1", "chr2"))
peakAnno <- annotatePeak(peak, tssRegion = c(-3000, 3000), TxDb = txdb, annoDb="org.Hs.eg.db")
## 基礎(chǔ)pie
plotAnnoPie(peakAnno)
## 轉(zhuǎn)換成ppt
graph2ppt(file="effect plot.pptx", width=7, height=5)
## 轉(zhuǎn)換成ggplot
p1 <- as.ggplot(~plotAnnoPie(peakAnno))
p1
實(shí)踐：
1.發(fā)現(xiàn)畫bar 圖一切正常，并且是一個(gè)ggplot2 對(duì)象，可以直接修改主題；pie 使用的pie 函數(shù)畫的，基礎(chǔ)繪圖。https://github.com/YuLab-SMU/ChIPseeker/blob/master/R/plotAnno.R
-
首先我們畫ggplot2 時(shí)候，畫板面積太小，可能導(dǎo)致文字疊加問(wèn)題，手動(dòng)調(diào)整大小就可以；基礎(chǔ)語(yǔ)法的pie 圖，我們拉寬畫布，查看效果，還是存在疊加想象
image.png
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- 怎么讓它顯示正常呢，可以拉寬畫布，在運(yùn)行一次餅圖函數(shù)。
plotAnnoPie(peakAnno)
image.png
2.嘗試用ggplotify 包解決問(wèn)題
-
我對(duì)基礎(chǔ)語(yǔ)法，理解不深刻。運(yùn)行后出現(xiàn)報(bào)錯(cuò)
image.png 如何需要轉(zhuǎn)換成ggplot2 語(yǔ)法，可以這樣操作
p1 <- as.ggplot(~plotAnnoPie(peakAnno))
p1+ theme_bw()
image.png
3.export 包使用
- 對(duì)于圖例和餅圖存在疊加情況，用基因語(yǔ)法畫圖，及時(shí)導(dǎo)出為ppt,還是無(wú)法顯示被覆蓋區(qū)間的內(nèi)容?？赡苁莋gplot 和 基礎(chǔ)語(yǔ)法 畫圖差異。
-
但是導(dǎo)出ppt ,取消組合，日常修圖可以勝任的。
image.png
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思考
-
ggplotify可以將base plot 轉(zhuǎn)換成ggplot 對(duì)象。as.ggplot(~plotAnnoPie(peakAnno))，要加上~波浪號(hào) - export 轉(zhuǎn)換成ppt ，完成日常修圖
- ChIPseeker里面
plotAnnoPie基礎(chǔ)語(yǔ)法繪圖；plotAnnoBar使用ggplot 語(yǔ)法繪圖
歡迎大家評(píng)論交流~??
