中國醫(yī)科大學最近發(fā)表了一篇7分的文章，
我們一起來學習一下吧~
《LINC00665可以被TAF15S延長半衰期，并通過STAU1介導的mRNA降解阻止了膠質(zhì)瘤細胞的癌變》
為了尋找神經(jīng)膠質(zhì)瘤中l(wèi)ncRNA及其有關的治療靶標，作者從臨床樣本和癌細胞株的RNA表達譜中篩選到了一批神經(jīng)膠質(zhì)瘤的差異表達基因，通過數(shù)據(jù)庫篩選和軟件預測了這些基因之間的結(jié)合位點。RNA-IP、ChIP和雙熒光素酶機制實驗驗證了互作關系，RNA和蛋白的表達也做了基因之間的調(diào)控關系。最后，通過動物實驗驗證了lncRNA相關的3個基因組合抑癌效果最優(yōu)，具有成為治療靶標的價值。
01
文章亮點
通過引入了一個轉(zhuǎn)錄后調(diào)控的關鍵蛋白——STAU1，把lncRNA調(diào)控下游轉(zhuǎn)錄因子的關系串聯(lián)在一起；lncR665可以被上游的TAF15調(diào)控，同時lncR665調(diào)控轉(zhuǎn)錄因子MTF1和YY2的降解。
02
涉及的調(diào)控機制
? TAF15可以延長lncR665的半衰期；
? lncR665可以與促癌基因YY2和MTF1轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合配對；
? lncR665在雙鏈RNA結(jié)合蛋白STAU1的幫助下，lncR665可以使YY2和MTF1的mRNA降解；
? YY2和MTF1是細胞周期蛋白GSTE1的轉(zhuǎn)錄因子，YY2和MTF1啟動GSTE1的表達；
調(diào)控機制圖
03
實驗思路
?發(fā)現(xiàn)抑癌基因TAF15(轉(zhuǎn)錄因子)
圖1A-C正常組織/正常細胞相比，腫瘤的TAF15表達水平更低，腫瘤分級越高，TAF15越低。
補充圖1a：TAF15低表達患者組生存期更短。
??發(fā)現(xiàn)抑癌基因lncR665
補充圖2：lncRNA表達譜分析：癌細胞比正常細胞的lncR665表達水平更低，TAF15高表達細胞株的lncR665表達水平也更低。
圖1 D：FISH定位，看正常細胞比腫瘤細胞的lncR665（紅色）更多；
圖1 E：QPCR水平，看正常細胞比腫瘤細胞 lncR665表達更多；
圖1 F：cck8檢測，腫瘤細胞過表達TAF15增殖下降，腫瘤細胞過表達lncR665增殖下降，?腫瘤細胞同時過表達TAF15和 lncR665，增殖進一步下降。
圖1 G：凋亡檢測，圖1 H：細胞侵襲
腫瘤細胞過表達TAF15凋亡增加，侵襲減少，
腫瘤細胞過表達lncR665凋亡增加，侵襲減少，?
腫瘤細胞同時過表達TAF15和 lncR665，凋亡進一步增加，侵襲減少。
??TAF15與lncR665存在相互作用
圖2 A：QPCR檢測，腫瘤細胞過表達TAF15，lncR665增加；?
圖2 B：RNA IP+QPCR檢測，腫瘤細胞 TAF15可以與lncR665共沉淀；?
圖2 C：RNA pulldown+WB檢測，腫瘤細胞 lncR665可以pull down TAF15；?
圖2 D：新生RNA捕獲 + QPCR檢測，腫瘤細胞過表達TAF15，新生lncR665不變；?
圖2 E：RNA聚合酶抑制劑+QPCR檢測，腫瘤細胞過表達TAF15， lncR665 半衰期延長；?
??發(fā)現(xiàn)MTF1和YY2是促癌基因
??STAU1和lncR665、MTF1(轉(zhuǎn)錄因子)和YY2(轉(zhuǎn)錄因子)存在調(diào)控關系
圖3A-B：在QPCR和WB水平，lnR665過表達時，MTF1減少；STAU1過表達時，MTF1增加；lnR665和STAU1同時過表達時，MTF1恢復。
圖3C：RNA IP+QPCR檢測，STAU1可以拉取lncR665或MTF1。
圖3D：雙熒光素酶檢測，lncR665結(jié)合MTF1的3’UTR 。
圖3EQPCR檢測lncR665使MFT1半衰期縮短，STAU1使MFT1半衰期縮短延長；?
圖3G-Icck8、凋亡、侵襲實驗，腫瘤細胞過表達MTF1，可以挽救LncR665的抑癌作用。
? 預測并驗證MTF1和YY2可以啟動細胞周期蛋白GTSE1的轉(zhuǎn)錄
圖7A：生信預測+ChIP+PCR驗證MTF1結(jié)合GTSE1的啟動子區(qū)；
圖7B-C：敲除或過表達MTF1細胞株，QPCR和WB驗證，MTF1和GTSE1有正相關趨勢；
? 生信分析臨床數(shù)據(jù)驗證發(fā)現(xiàn)MTF1、YY2和GTSE1高表達都與預后不良相關
? 體內(nèi)驗證TAF15+lncR665+MTF1-或YY2- 3個組合的抑癌效果最優(yōu)
圖8 A-C :TAF15+或lnc665+都是抑癌；MTF1-或YY2-都是抑癌；TAF15+lncR665+MTF1-或YY2-抑癌效果最優(yōu)。
⑨ 體內(nèi)驗證GTSE1-也有明顯抑癌效果
注：為了方便理解，以上按照作者的推測標出了抑癌基因和促癌基因）
04
點評
以lncR665為中心，研究者講明了臨床預后有關的分子TAF15-lncR665-MTF1/YY2-GTSE1通路。美中不足的是，研究者沒有l(wèi)ncR665差異表達的臨床預后分析結(jié)果，而且在其他腫瘤類型中，lncR665是促癌基因，和本研究結(jié)論相反。
最后兩張表格總結(jié)這篇文章的實驗思路和實驗方法
