1 比對的是：相似菌參考基因和使用seqtk隨機抽取出來的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。

2 bowtie2做index

建索引結(jié)果

1）使用方法： bowtie2-build<要生成的索引文件前綴名>；

比如：path/bowtie2-build genome.fabowtie2 index/genome

2）參數(shù)說明：genome.fa是fasta文件；

genome是要生成的索引文件的前綴名；

bowtie2index是一個文件夾，用來存放索引文件，方便日后查看和使用；

注意：程序運行完后genome.fa文件要放在bowtie2 index索引目錄中，tophat2軟件才能正確運行。

3 reads mapping到參考基因組——tophat2軟件：基于bowtie2

1）用法：

命令行：tophat2 -p 4 -G /home/andengdi/lyr/rna-seq/00-reference/genome.gff -o test_output /home/andengdi/lyr/rna-seq/00-reference/genome /home/andengdi/lyr/rna-seq/01-data/YSH-qurRNA-42-314-4_L001_R1.fastq /home/andengdi/lyr/rna-seq/01-data/YSH-qurRNA-42-314-4_L001_R2.fastq

2）參數(shù)說明：

-p ：指定線程數(shù)，默認(rèn)為1

-G ：指定已有的基因組注釋信息，gtf或gff文件；

-o ：指定輸出目錄，默認(rèn)為”./tophat_out“；

后面加上索引文件：與前面的bowtie2建立的索引相對應(yīng)，只取前綴名。

最后加上fastq文件：filename.fq；如果是雙端測序則是filename_1.fq和filename_2.fq兩個文件。

（ 細(xì)菌是沒有junction的，但不排除可能出現(xiàn)錯誤; 將注釋文件去掉跑流程。）

4 結(jié)果：

結(jié)果文件

其中，需要查看各類說明去logs文件下：

logs

比如：需要了解這個程序跑了多久，可以看

tophat.log

總結(jié)結(jié)果

因為我使用seqtk隨機取轉(zhuǎn)錄組的部分?jǐn)?shù)據(jù)和細(xì)菌基因組比對的，所以耗費時間比較短，大概耗時8小時。

另外查看一下mapping率：

mapping到1.9%

這個測試數(shù)據(jù)還是可以的，下一步就是用cufflinks軟件將這個這些基因merge起來。