本期和大家分享科研菌在使用SRA Toolkit下載NCBI-SRA原始數(shù)據(jù)的一些Tips，時間寶貴，直接上干貨。

1.明確Project：SRP119720，打開瀏覽器，輸入：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP119720&o=acc_s%3Aa

2.下載：Accession List「獲得SRR_Acc_List.txt」；其打開后格式如下「糯米飯使用的是TextMate軟件」當(dāng)然你用其他的txt編輯器也是可以的；

3.安裝SRA Toolkit軟件

打開瀏覽器，輸入

https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software

點擊MacOS 64 bit architecture后下載得sratoolkit.2.9.6-1-mac64.tar.gz

鼠標(biāo)雙擊sratoolkit.2.9.6-1-mac64.tar.gz后解壓

4.安裝Aspera connect

打開瀏覽器，輸入

https://downloads.asperasoft.com/connect2/

點擊Download Aspera Connect 3.9.9「按步驟下載安裝」

鼠標(biāo)雙擊IBMAsperaConnectInstallerOneClick-3.9.9.177872.dmg「安裝」

5.添加Aspera connect在終端中路徑「建議先學(xué)Linux中vim編輯和環(huán)境變量」

打開終端

輸入

vim~/.bashrc

光標(biāo)向下移動，按下鍵盤i「進入insert模式」

復(fù)制

export PATH=/Users/apple/Applications/Aspera\ Connect.app/Contents/Resources:$PATH

按下鍵盤ESC「進入安全模式」

輸入:wq后回車「保存」

輸入

source~/.bashrc

改變SRA Toolkit軟件下載默認(rèn)路徑『Optional』

? ? ? 若不修改，則下載到~/ncbi/public/sra 目錄下

打開終端

進入sratoolkit中bin文件夾：輸入

cd/Users/apple/Desktop/sratoolkit.2.9.6-1-mac64/bin./vdb-config -i

按上下鍵移動，到Change，回車后選擇對應(yīng)的目錄『該目錄必須為空』，移動到Save回車后，移動到Exit回車

7.開始下載原始數(shù)據(jù)

打開終端

輸入

forsamplein$(cat /Volumes/RNAseq/SRP119720/SRR_Acc_List.txt) ;do/Users/apple/Desktop/sratoolkit.2.9.6-1-mac64/bin/prefetch${sample}done

解釋：

/Volumes/RNAseq/SRP119720/SRR_Acc_List.txt「放置SRR_Acc_List.txt文件的絕對路徑」

/Users/apple/Desktop/sratoolkit.2.9.6-1-mac64/bin「放置sratoolkit軟件的絕對路徑」

然后你的電腦就開始嗖嗖嗖地下載原始數(shù)據(jù)啦~~