前言

這年頭，誰還TM的做GWAS～

今天導(dǎo)師不是想和你看流星雨，

是想和你看看他感興趣SNPs在某個亞組數(shù)據(jù)中的基因型.......

怎么辦？

I have 一堆SNPs， I have 原始數(shù)據(jù)～

嗯～

怎樣得出SNPs在原始數(shù)據(jù)的基因型？

發(fā)動Plink！

首先，你要準(zhǔn)備一個“感興趣亞組”的txt文件（包括兩列Family ID和Individual ID），參考前面關(guān)于keep操作的說人話～

長這樣子的～

然后，給自己感興趣的SNPs做一個txt文件（Excel也好，Terminal Vim操作也罷），樣子如下：

沒錯，就是這樣一列

發(fā)動！Plink Combo！

/Users/seedson/Biosoft/plink_mac_20190617/plink --noweb --file /Volumes/xxx/70389_LungSomke/cxxx/chr23 --keep /Users/xxx/20200218/all_control_and_cancer_chr25.txt --allow-no-sex --extract /Users/xxx/20200214/significant_X_SNPs.txt --recode --tab --out all_significant_snps

解釋如下：

/Users/seedson/Biosoft/plink_mac_20190617/plink （告訴電腦Plink的軟件的位置）

--noweb?（不需網(wǎng)絡(luò)）

--file /Volumes/xxx/70389_LungSomke/cxxx/chr23 ?（告訴Plink要采取操作的數(shù)據(jù)在哪里）

--keep /Users/xxx/20200218/all_control_and_cancer_chr25.txt?（告訴Plink要keep操作提取的亞組是什么，在哪里）

--allow-no-sex （容許不區(qū)分性別，原始文件中沒有性別的label，其他分析不一定要用）

--extract /Users/xxx/20200214/significant_X_SNPs.txt?（告訴Plink要提起的SNPs是什么，在哪里）

--recode --tab （輸出的格式）

--out all_significant_snps （告訴Plink分析完后，寫出結(jié)果的文件名字- 自己給分析一個名份～）

輸出結(jié)果如下：

截圖如上，就長這樣～

后記：

何時，才能夠結(jié)束這個破課題......

一個窮學(xué)生，看完不點贊，不打賞，

你們心不痛嗎？