#####利用轉(zhuǎn)錄組或重測序數(shù)據(jù)原始reads匹配到目的序列，以驗(yàn)證序列的準(zhǔn)確性。以RNA-Seq of Hippopotamus amphibius: adult male skin——SRR8270566為例#####

prefetch SRR8270566? ? #下載SRA數(shù)據(jù)庫的reads數(shù)據(jù)，另：wget -c https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos1/sra-pub-run-2/SRR8270566/SRR8270566.1也可（推薦）

fastq --split-3 SRR8270566.1? ? #轉(zhuǎn)換為fastq格式

bwa index -a bwtsw hamp.fas? ? #目的序列建立索引

bwa mem -t 20 -M -R "@RG\tID:hamp\t" hamp.fas SRR8270566.1_1.fastq SRR8270566.1_2.fastq > hamp.sam? #比對，生成sam文件

samtools sort -@ 30 -m 10G -O bam -o hamp.bam hamp.sam? ? #生成二進(jìn)制bam文件

samtools index hamp.bam? ? ? ? ? #生成bam.bai文件

###利用IGV或Tablet軟件將hamp.fas、hamp.bam、hamp.bam.bai可視化###

#####There’s More Than One Way To Do It！僅供參考！#####