在歷史的長河中，崇正書院也經(jīng)歷了一波三折。

萬歷后隨著耿定向的失勢，書院也逐漸廢棄，后由焦竑改建為紀(jì)念耿定向的耿公祠。

清代時利用其址作為佛教活動場所，咸豐三年（1853年）毀于太平天國戰(zhàn)亂，同治四年（1865年）重建后被改為供奉地藏王菩薩的小九華寺。

上世紀(jì)八十年代，南京市政府撥款重修崇正書院，由東南大學(xué)著名建筑專家楊廷寶教授（“南楊北梁”中的楊，梁是梁思成）根據(jù)原樣親自指導(dǎo)設(shè)計方案，歷時兩年竣工。

修竣后的崇正書院被列入南京市文物保護單位。

風(fēng)之舞攝