NCBI全稱National Center for Biotechnology Information（國家生物技術(shù)信息中心），是美國國家醫(yī)學(xué)圖書館（National Library of Medicine）的下設(shè)部門，而美國國家醫(yī)學(xué)圖書館隸屬美國衛(wèi)生與公眾服務(wù)部的國立衛(wèi)生研究院。

NCBI是生物技術(shù)信息工具的集合器，包括數(shù)據(jù)庫（Databases）、下載器（Downloads）、上傳器（Submissions）、其他工具（Tools）四個(gè)部分。其中數(shù)據(jù)庫是核心，其余為使用數(shù)據(jù)、更新數(shù)據(jù)及查找數(shù)據(jù)的工具，為數(shù)據(jù)庫的“臂膀”。

NCBI共有59種數(shù)據(jù)庫，29種下載器，16中上傳器，51種其他類型工具（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/all/）。59種數(shù)據(jù)庫中最為重要的35種，分文獻(xiàn)（Literature）5種、基因（Genes）5種、基因組（Genomes）8種、蛋白（Proteins）5種、臨床（Clinical）8種、有機(jī)小分子生物活性（PubChem）4種；重要下載器1種，即Blast，又分5類（blastn, blastp, blastx, tblastn, Primer-BLAST）（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/search/?term=）。

與基因組直接相關(guān)的數(shù)據(jù)庫SRA、Nucleotide、Genome、Assembly相互聯(lián)系、密不可分。SRA存儲(chǔ)測序原始數(shù)據(jù)（未拼接的reads）和對(duì)齊信息。Nucleotide是將測序原始數(shù)據(jù)拼接而成的核苷酸序列，即堿基序列。因此出于各種目的的DNA測序拼接形成的序列均被收載，包括來自基因銀行（GenBank）、參考序列數(shù)據(jù)庫（RefSeq）、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫（Protein Data Bank, PDB）、第三方注釋數(shù)據(jù)庫（Third Party Annotation, TPA）的核苷酸序列。這里的GenBank是由NCBI早期建立的序列數(shù)據(jù)庫，收錄高通量基因組序列（High Throughput Genomic Sequences, HTG）、表達(dá)序列標(biāo)簽（Expressed Sequence Tags, EST）、序列標(biāo)記位點(diǎn)（Sequence Tagged Sites, STS）、基因組概覽序列（Genome Survey Sequences, GSS），可見GenBank收錄全基因組或全基因組草圖及分子標(biāo)記等。過去GenBank是NCBI數(shù)據(jù)庫中相對(duì)獨(dú)立的部分，現(xiàn)在已經(jīng)融入Nucleotide中。RefSeq也是NCBI建立的數(shù)據(jù)庫，它是由NCBI科研人員與一些機(jī)構(gòu)合作，從科研團(tuán)隊(duì)提交的全基因組中挑選出質(zhì)量高的序列構(gòu)成，作為生信研究的參考基因組。Genome數(shù)據(jù)庫在Nucleotide的基礎(chǔ)上增加了圖譜、注釋等信息，形成染色體水平基因組。Assembly數(shù)據(jù)庫實(shí)際描述了基因組組裝的信息，包括被組裝基因組的結(jié)構(gòu)、組裝名稱以及其他元數(shù)據(jù)（描述數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)，即屬性）、統(tǒng)計(jì)報(bào)告及基因組測序數(shù)據(jù)的鏈接。

與基因組間接相關(guān)的數(shù)據(jù)包括Taxonomy、BioSimple、BioCollections、BioProject。描述基因組的客觀載體的是Taxonomy，它收錄各基因組對(duì)應(yīng)的宏觀物種信息?；蚪M樣品信息收錄于BioSimple。而存儲(chǔ)樣品的機(jī)構(gòu)（博物館、標(biāo)本館等）信息由BioCollections提供。對(duì)于研究課題的整體概況及相關(guān)介紹可以在BioProject中找到。

通過整理基因組數(shù)據(jù)庫之?dāng)?shù)據(jù)延伸出的數(shù)據(jù)庫包括Gene、HomoloGene、PopSet、GEO DataSets、GEO Profiles。Gene數(shù)據(jù)庫是以單個(gè)基因?yàn)閱挝?，在Nucleotide、Genome的基礎(chǔ)上，說明其屬性，包括命名、參考序列、染色體定位、變異、表型等，并提供相關(guān)基因組的擴(kuò)展鏈接，但不展示序列。HomoloGene將已測得的全基因組中各物種的同源基因分別展示，形成一個(gè)個(gè)同源基因簇集。PopSet收集上傳至GeneBank中有關(guān)種群、種系發(fā)生（phylogenetic）、突變及生態(tài)學(xué)比較基因組學(xué)研究的DNA序列。因此數(shù)據(jù)庫中的每條記錄是一組來自相同物種（種群、突變）、不同個(gè)體物種（種系發(fā)生）或生物群落中未知物種（微生物群落）的全部核苷酸序列。GEO DataSets與GEO Profiles是功能基因組相關(guān)的數(shù)據(jù)庫，既有些獨(dú)立又與Nucleotide有聯(lián)系，即二者并不儲(chǔ)存序列，而僅描述試驗(yàn)相關(guān)的信息，其序列存儲(chǔ)于Nucleotide中，可見Seurat_Satija簡書的介紹。